专利担保委托代理合同中发票金额是否包含官方费用，需根据合同具体约定来确定，通常有两种情况：

1. 发票金额不包含官方费用
   在多数专利担保委托代理合同中，代理机构会明确区分“代理服务费”与“官方费用”（如专利申请费、实质审查费、年费等）。官方费用是代理机构代收后直接缴纳给国家知识产权局的款项，通常以“实报实销”形式处理，即代理机构按实际发生金额向委托方收取，并单独开具发票或附缴费凭证。此时，代理机构开具的发票金额仅包含其提供的代理服务费用（如撰写专利文件、提交申请、答复审查意见等），官方费用可能通过其他方式（如另行转账、单独票据）结算。

2. 发票金额包含官方费用
   若合同中明确约定代理机构“包干收费”或“全包服务”，即代理服务费与官方费用合并计算，则发票金额可能包含官方费用。但这种情况较少见，因为官方费用需按国家知识产权局标准缴纳，代理机构通常无法预估全部费用（如年费可能随专利保护期限延长而变化），且合并开票可能导致财务处理复杂（如代理机构需将官方费用部分转付给专利局，但发票已全额开具给委托方）。

建议：

• 委托方在签订合同时，务必明确约定发票金额的构成（是否包含官方费用），并要求代理机构在合同中列明各项费用的名称、金额及支付方式。
  
• 若合同未明确约定，可要求代理机构出具费用明细清单，并保留官方缴费凭证（如国家知识产权局出具的收费收据），以避免后续纠纷。
  
• 若发现代理机构未按约定处理官方费用（如虚增费用、未及时缴纳），可依据合同条款主张违约责任，或向当地知识产权管理部门投诉。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或实务操作细节。