结论：月结第二天自离是否扣本月工资，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度合法性、劳动合同约定及实际工作情况。以下是具体分析：

1. 若公司规章制度合法且劳动合同有明确约定
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者离职需提前30日（试用期3日）书面通知用人单位。若未履行通知义务直接离职（即“自离”），可能被认定为违法解除劳动合同。此时，若公司规章制度明确规定“自离扣工资”且该制度已通过民主程序制定、公示并告知劳动者（如员工手册签字确认），则公司可能依据制度扣除部分工资作为补偿。但需注意：

   • 扣除比例限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者原因造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 举证责任：公司需证明自离行为直接导致经济损失（如项目停滞、客户流失等），否则可能被认定为违法扣薪。

2. 若公司规章制度不合法或劳动合同无约定
   若公司未制定合法有效的规章制度，或劳动合同中未约定自离扣薪条款，则公司无权单方面扣除本月工资。此时，劳动者有权要求公司全额支付工资，并可通过劳动仲裁维护权益。

   • 例外情形：若劳动者自离导致公司实际损失（如未交接工作导致客户索赔），公司可要求赔偿，但需通过法律途径主张，而非直接扣薪。

3. 实际工作情况的影响

   • 已提供劳动部分：无论是否自离，劳动者已实际工作的天数对应的工资，公司必须支付。例如，月结周期为1-30日，劳动者在31日自离，则1-30日的工资应全额发放。
     
   • 未提供劳动部分：若自离导致后续工作无法开展（如未交接导致公司停工），公司可能主张减少支付工资，但需证明损失与自离的直接因果关系。

建议：

• 若公司已扣工资，可要求公司出具书面扣薪依据（如规章制度条款、损失证明等），并核对是否符合法律限制。
  
• 若公司拒不支付工资或扣薪违法，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张全额工资及可能的赔偿金。
  

如有进一步疑问（如具体扣薪金额计算、仲裁流程等），可直接向我咨询。