核心结论：员工怀孕自愿上班的情况下，企业与员工签订协议时，需确保协议内容合法合规，充分保障员工权益，同时明确双方的权利义务。以下从协议内容、法律风险、注意事项三个角度进行详细说明。

1. 协议内容建议

协议应明确以下核心条款，确保双方权益清晰：

• 自愿性声明：员工需书面确认怀孕后自愿继续工作，排除企业强迫或诱导的情形。例如：“本人（员工姓名）确认，怀孕期间自愿继续履行岗位职责，无任何胁迫或不当影响。”
• 工作内容与强度：明确岗位性质、工作时间、劳动强度，避免安排禁忌劳动（如高处作业、接触化学物质等）。可参考《女职工劳动保护特别规定》第六条，列明禁止从事的劳动范围。
• 健康保障措施：约定企业提供的健康支持，如定期产检假、工间休息时间、防辐射设备等，并明确员工有权因身体原因临时调整工作安排。
• 协议终止条件：规定若员工出现先兆流产、妊娠并发症等健康问题，或医生建议停止工作，协议自动终止，企业需无条件批准病假或产假。
• 法律适用条款：注明协议受《劳动法》《劳动合同法》《女职工劳动保护特别规定》等法律法规约束，避免与现行法律冲突。

2. 法律风险规避

需特别注意以下风险点，防止协议无效或引发纠纷：

• 禁止排除法定权益：协议不得剥夺员工依法享有的产假、生育津贴、医疗期等权利。例如，不得约定“怀孕期间放弃产假”或“自行承担产检费用”。
• 避免变相歧视：协议内容需一视同仁，不得仅针对怀孕员工设置特殊条款（如强制调岗、降薪），否则可能构成性别歧视，面临劳动监察处罚或诉讼。
• 证据留存：协议需由员工本人签字确认，企业留存原件，并建议通过邮件、微信等方式再次确认员工自愿性，避免后续争议时举证困难。

3. 操作注意事项

• 协商优先：协议签订前应与员工充分沟通，尊重其意愿，避免单方面制定条款引发抵触。
• 动态调整：根据员工孕期身体状况，及时协商调整工作内容或休息时间，体现人文关怀。
• 合规审查：建议由HR或法律顾问审核协议条款，确保符合地方性法规（如部分省份对孕期劳动保护有更严格规定）。

示例条款参考：
“甲方（企业）尊重乙方（员工）怀孕期间继续工作的意愿，同意乙方在身体条件允许的情况下履行岗位职责。甲方将为乙方提供每日1小时工间休息、每周1次产检假，并配备防辐射服等必要防护设备。若乙方因身体原因需暂停工作，甲方将依法批准病假或产假。”

如有具体协议草拟需求或条款细节疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的法规提供进一步建议。