结论前置：病假期间扣50%工资是否合法，需根据具体情况判断，关键在于扣款行为是否符合法律规定及劳动合同约定，且扣款后工资不得低于当地最低工资标准的80%。
病假扣款的合法性分析
法律依据：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，该费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。这意味着，如果扣款后工资低于这一标准，那么扣款行为就是不合法的。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了病假期间的扣款方式及比例，并且这些规定符合法律法规，那么按照合同约定进行扣款是合法的。但同样，扣款后的工资都不能低于当地最低工资标准的80%。例如，若劳动合同约定病假期间扣发50%工资，但执行后工资仍高于当地最低工资标准的80%，则这种扣款方式在合同层面是合法的；反之，则不合法。
合法与不合法的具体情形：
- 合法情形：用人单位按照法律规定和规章制度，在病假期间支付不低于当地最低工资标准80%的工资；或者劳动合同中有明确的病假扣款条款，且执行后工资仍满足上述标准。
- 不合法情形：未支付任何病假工资；扣款后工资低于当地最低工资标准的80%；劳动合同或规章制度中无相关约定却擅自扣款；规章制度未经公示或告知劳动者即执行扣款。
劳动者权益保护与维权途径
证据收集：
- 劳动者应妥善保存劳动合同、病假证明、工资条或银行流水等记录，这些证据在维权时至关重要，能够证明用人单位的扣款行为是否合法。
协商与投诉：
- 首先尝试与用人单位进行沟通协商，明确表达自己的诉求，要求纠正不合法的扣款行为。
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
劳动仲裁与诉讼：
- 如劳动监察部门未能解决问题，劳动者可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将根据事实和法律作出裁决，维护劳动者的合法权益。
- 对仲裁裁决不服的，劳动者还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。
示例说明
假设某地区最低工资标准为2000元/月，劳动者月工资为4000元。若劳动者因病请假一个月，按照法律规定，其病假工资不得低于1600元（2000元*80%）。如果用人单位扣发50%工资，即扣发2000元，那么劳动者实际到手工资为2000元，这仍然高于最低工资标准的80%，因此在这种情况下，扣款行为在合同有明确约定且不违反其他法律法规的前提下是合法的。但如果劳动者月工资较低，扣发50%后工资低于1600元，则扣款行为不合法。
综上所述，病假期间的扣款行为并非一概而论地合法或非法，而是需要根据具体的法律规定、劳动合同约定以及实际执行情况来综合判断。劳动者在面对不合理的扣款时，应积极采取措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。