针对您提出的“停薪留职劳动局仲裁社保怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、停薪留职期间社保处理的基本原则
在停薪留职期间，社保的处理应首先遵循职工与用人单位之间的书面约定，并确保符合相关法律法规的规定。若双方没有明确约定，则依据《中华人民共和国社会保险法》等相关法律，用人单位通常仍需承担一定的社保缴纳责任。
二、社保费用的承担方式
合同约定优先：停薪留职协议中应明确社保费用的分担方式，如由个人全额承担、单位与个人按比例分担等。这是双方执行社保缴纳的基础，也是避免后续纠纷的关键。
法律规定兜底：若双方未明确约定，根据法律规定，用人单位仍需承担社保缴纳责任。具体比例和基数应遵循当地社保政策，确保社保的连续性和正常状态。
实际操作中的灵活性：双方可根据实际情况协商确定具体的承担方式。例如，职工可按月向原单位缴纳一定比例的社保费用，或单位继续承担部分或全部费用。若职工在停薪留职期间从事其他有收入的劳动，应按月向原单位缴纳劳动保险基金，数额一般不低于本人原标准工资的百分之二十。
三、社保缴纳的具体程序
签订书面协议：停薪留职前，职工务必与用人单位签订书面协议，明确社保的缴纳方式、比例、基数以及双方的权利和义务等事项。这是保障双方权益的重要步骤。
确定缴纳基数与金额：根据当地社保政策及职工上一年度月平均工资，确定社保缴纳基数，并核算出每月需要缴纳的社保费用。
缴纳社保费用：根据协议约定的方式，按时将社保费用支付给单位或自行到社保局缴纳。无论何种方式，职工都应妥善保留好社保缴费凭证和相关证明文件。
关注政策变化与定期查询：职工应时刻关注当地社保政策的最新动态，并通过官方网站、手机APP等渠道定期查询自己的社保缴费记录，确保单位按时、足额为自己缴纳了社保费用。
四、劳动局仲裁与社保处理
若在停薪留职期间，因社保缴纳问题产生纠纷，职工可以向当地劳动局申请仲裁。在仲裁过程中，劳动局将依据相关法律法规和双方签订的协议，对社保缴纳问题进行裁决。因此，职工在申请仲裁前，应确保自己已充分了解相关法律法规，并收集好相关证据材料，如停薪留职协议、社保缴费凭证等。
五、停薪留职结束后的处理
停薪留职期限届满后，职工回到单位正常工作，单位应按照正常的工资情况和社保政策，恢复为职工缴纳社保费用。若职工选择与原单位解除劳动关系，则需办理社保关系转移手续，确保社保权益的连续性。
综上所述，停薪留职期间的社保处理需要综合考虑合同约定、法律规定以及实际操作的灵活性。职工应与单位充分沟通、签订协议、明确责任，并密切关注政策变化，以确保自己的社保权益得到妥善保障。在实际操作中，如遇具体问题或疑问，建议及时咨询当地社保局或劳动局，以获取最准确的信息和指导。