休探亲假扣部分年终奖通常是不合法的，但具体情况需结合用人单位的规章制度和实际情况来判断。以下从多个角度为你详细分析：
一、探亲假的法律性质
探亲假是国家为保障职工与亲属团聚而设立的一种法定假期。根据《国务院关于职工探亲待遇的规定》，符合条件的职工享有探亲假，且在规定的探亲假期和路程假期内，应享受本人的标准工资待遇。这意味着探亲假期间，员工的工资收入（包括基本工资和津贴等）不受影响，年终奖作为劳动报酬的一部分，同样不应受到无故扣减。
二、年终奖的性质与发放原则
年终奖是公司的一种福利制度，其发放标准和条件由单位自主制定，但应遵循按劳分配原则，并考虑单位的经济效益和员工的个人表现。年终奖并非员工的固定薪酬部分，而是根据单位的实际情况和员工的综合表现来决定的额外奖励。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣减年终奖，特别是当扣减与员工的法定休假权益相冲突时。
三、休探亲假扣年终奖的合法性分析
法规层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动报酬的一部分，同样受到这一规定的保护。
- 探亲假是职工的合法权益，且休假期间工资待遇不受影响。因此，从法律层面上讲，探亲假本身不应成为扣发年终奖的理由。
规章制度层面：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定休探亲假不影响年终奖的发放，或者未将休探亲假纳入影响年终奖评定的因素，那么员工休探亲假后，应按规定获得年终奖。
- 若用人单位的规章制度中将年终奖与员工的出勤率、工作表现等综合因素挂钩，并且明确将超过一定期限的休假（包括探亲假）纳入考量范围，这种情况下，探亲假可能会对年终奖产生影响。但该规章制度必须满足合法合理、经过民主程序制定、已向劳动者公示等条件才具有法律效力。如果规章制度存在违法或不合理之处，员工有权提出异议并寻求法律救济。
司法实践层面：
- 在司法实践中，判断休探亲假是否影响年终奖时，会重点审查用人单位的规章制度和劳动合同。如果规章制度或劳动合同中未将休探亲假作为扣发年终奖的依据，员工因休探亲假而被扣发年终奖的，可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
- 了解规章制度：员工在休探亲假前，应了解并确认单位的规章制度中关于年终奖发放的相关规定，以避免不必要的争议。
- 保留证据：如果员工认为用人单位扣发年终奖的行为违法或不合理，应保留相关证据，如劳动合同、规章制度、工资条、年终奖发放记录等，以便在争议发生时提供有力支持。
- 寻求法律救济：如果员工与用人单位就年终奖发放问题产生争议，且无法通过协商解决，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，休探亲假通常不应影响年终奖的发放，但具体情况还需根据用人单位的规章制度、劳动合同以及实际情况来判断。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。