协议书原件丢失且对方不承认的情况下，您依然可以通过多种途径来维护自身权益，关键在于积极收集证据并合理运用法律手段。以下是从不同角度为您提供的详细分析和建议：

一、立即沟通与协商

1. 及时通知对方：第一时间告知对方协议书丢失的情况，说明原因，并表达希望共同解决问题的意愿。这有助于建立沟通的基础，避免对方因不知情而产生误解或抵触情绪。
2. 协商补签或复印：提议与对方重新签订一份协议书，或者在对方同意的情况下，复印其持有的协议书原件。在补签或复印时，可以附加一份说明文件，阐明重签或复印的背景和原因。

二、全面搜集证据

1. 查找备份：仔细检查个人档案、电子设备、云存储等，寻找协议书的任何形式的备份，如扫描件、照片等。这些电子文件虽然证明力相对较弱，但与其他证据相结合可以形成有力的证据链。
2. 第三方查询：如果协议书涉及公证、中介或行业协会等第三方机构，可以向其申请调取存档副本。这些机构通常会有协议书的备案记录，可以作为证明协议存在及内容的直接证据。
3. 收集辅助证据：
   • 证人证言：寻找了解协议签订和履行情况的第三方证人，如共同签署协议的见证人、参与协议履行的合作伙伴等。他们的证言可以为案件提供有力支持。
   • 履约凭证：收集与协议履行相关的凭证，如付款凭证、交货单、验收报告等。这些凭证可以证明您已经按照协议约定履行了义务，从而间接证明协议的存在及内容。
   • 沟通记录：查找与对方的邮件往来、短信、微信聊天记录等，特别是涉及协议履行和违约情况的沟通内容。这些记录可以证明双方之间的约定以及对方的违约行为。

三、利用法律手段

1. 发送律师函：如果协商无果，可以考虑委托我向对方发送律师函，正式提出您的诉求和依据，要求对方承认协议效力并承担相应责任。律师函具有一定的法律效力，可以对对方形成一定的压力。
2. 提起诉讼：若律师函未能解决问题，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提交充分的证据证明协议的存在、对方的违约行为以及您的损失情况。法院将根据事实和法律规定作出判决。在提起诉讼前，您可以考虑申请证据保全，以确保关键证据得以保存。
3. 司法鉴定：对于争议较大的书面材料或电子数据，可以通过司法鉴定确认其真实性和完整性。司法鉴定结果具有较高的证明力，可以作为法院审理案件的重要依据。

四、注意事项

1. 及时行动：一旦发现协议书原件丢失且对方不承认，应立即采取行动收集证据并与对方沟通，以免错过最佳维权时机。
2. 保持冷静：在处理此类纠纷时，应保持冷静和理性，避免情绪化的行为影响问题的解决。通过合法途径维护自身权益是更为明智的选择。
3. 加强保管意识：未来应更加重视协议书的保管工作，采取多重备份措施（如纸质备份、电子备份、云存储等），并增强对合同签订、履行过程中法律风险的认知。

总结与展望：面对协议书丢失及对方不承认的挑战，关键在于积极应对、全面搜集证据，并灵活运用法律手段维护自身权益。通过及时沟通、细致的证据搜集工作以及必要的法律支持，您有望成功解决这一问题。同时，也建议您以此为契机，提升个人的法律意识与风险管理能力，避免类似纠纷的再次发生。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。