当遇到挂靠合同被认定为无效的情况时，处理起来需要细致且谨慎，以下是一套清晰、详细且有深度的处理流程和建议：
一、确认合同无效性
首先，要明确挂靠合同为何被认定为无效。根据相关法律法规，挂靠合同若违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，以虚假意思表示订立，主体不适格，或以合法形式掩盖非法目的、损害国家、集体或第三人利益，都将被认定为无效。这一确认过程可能需要借助法律专业人士的帮助，或者通过法律程序（如诉讼、仲裁）来由法院或仲裁机构进行判定。
二、立即停止合同履行
一旦确认合同无效，应立即停止合同的履行。因为无效的合同自始没有法律约束力，继续履行不仅缺乏法律依据，还可能引发进一步的法律风险和损失。
三、工程价款结算与损失赔偿
工程价款结算：
- 若建设工程经验收合格，尽管合同无效，但根据相关法律规定，承包人仍有权要求参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。
- 若工程初验不合格但经修复后验收合格，承包人应承担修复费用，之后可参照合同约定请求支付工程价款。
- 若修复后工程仍不合格，承包人则无权请求折价补偿。
损失赔偿：
- 合同无效后，双方应根据过错程度承担相应的损失赔偿责任。赔偿范围可能包括直接损失（如材料费、工人工资）和间接损失（如预期利益）。
- 法院在判定赔偿数额时，会综合考虑双方过错、损失实际情况等因素。
四、收缴非法所得与行政责任
收缴非法所得：
- 因挂靠合同无效所产生的非法所得，如管理费、不当利益等，人民法院有权依法收缴。
行政责任：
- 挂靠方和被挂靠方均可能面临行政处罚，包括责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等。
五、协商与争议解决
协商解决：
- 对于已履行部分，双方应尽快协商解决方案，包括工程量结算、款项处理等。协商时应充分考虑双方权益，力求公平合理。
争议解决途径：
- 若协商无果或存在争议，可寻求法律援助、申请调解、仲裁或提起诉讼。在此过程中，建议咨询专业律师以更好地维护自身权益。
六、后续风险防范
审查合同条款：
- 明确合同无效的具体原因，有助于责任划分和后续处理。特别是因违反法律法规导致的无效，需特别关注相关规定。
保留相关证据：
- 妥善保管与合同履行相关的所有文件、资料等证据材料，以备不时之需。
加强风险防范：
- 在未来的业务活动中，加强对合同合法性的审查和管理，建立完善的合同审核制度。
- 加强员工培训，提高法律意识，避免类似法律风险再次发生。
综上所述，处理挂靠无效合同需要综合考虑多个方面，包括确认合同无效性、停止合同履行、工程价款结算与损失赔偿、收缴非法所得与行政责任、协商与争议解决以及后续风险防范等。在处理过程中，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保处理结果的合法性和合理性。