事业单位工作人员被刑事拘留等待法院判决，是否会被开除需根据最终判决结果及具体情节来确定，但通常若被判处有期徒刑以上刑罚，会面临开除处分。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据及处理原则
《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十二条：
- 事业单位工作人员被依法判处刑罚的，给予降低岗位等级或者撤职以上处分。
- 被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。
- 行政机关任命的事业单位工作人员，被依法判处刑罚的，给予开除处分。
《中华人民共和国公职人员政务处分法》第十四条：
- 公职人员因故意犯罪被判处管制、拘役或者有期徒刑以上刑罚（含宣告缓刑）的，予以开除。
- 因过失犯罪被判处有期徒刑，刑期超过三年的，予以开除。
- 因犯罪被单处或者并处剥夺政治权利的，予以开除。
二、不同刑罚情况下的处理
被判处有期徒刑以上刑罚：
- 无论是否属于行政机关任命的事业单位工作人员，均面临开除处分。
- 例如，若事业单位工作人员因贪污受贿被判处有期徒刑三年，根据规定，其将被开除。
被判处较轻刑罚（如管制、拘役）：
- 对于非行政机关任命的事业单位工作人员，可能不会必然被开除，而是给予降低岗位等级或者撤职以上处分。
- 例如，若事业单位工作人员因过失犯罪被判处拘役六个月，且非行政机关任命，其可能不会被开除，而是受到降低岗位等级或撤职的处分。
特殊情况：
- 因过失犯罪被判处管制、拘役或者三年以下有期徒刑的，一般应当予以开除；但案件情况特殊，予以撤职更为适当的，可以不予开除，不过需要报请上一级机关批准。
- 公职人员因犯罪被单处罚金，或者犯罪情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定或者人民法院依法免予刑事处罚的，予以撤职；造成不良影响的，予以开除。
三、实际处理中的考虑因素
- 犯罪情节严重程度：除了刑罚种类和刑期外，犯罪情节的严重程度也会影响处理结果。例如，故意犯罪与过失犯罪、犯罪手段是否恶劣等。
- 是否属于行政机关任命：行政机关任命的事业单位工作人员在面临刑事处罚时，通常会被开除，无论刑罚轻重。
- 单位内部规定：不同事业单位可能有自己的内部规定，这些规定也可能对处理结果产生影响。但内部规定不得与法律法规相抵触。
四、建议与注意事项
- 等待法院判决：在法院判决前，事业单位工作人员仍处于刑事拘留阶段，其工作关系和待遇可能暂时不受影响。但一旦判决生效，单位将根据判决结果和内部规定进行处理。
- 积极配合调查：在刑事拘留期间，事业单位工作人员应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻处理。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。如果你或你身边的人面临类似情况，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。
综上所述，事业单位工作人员被刑事拘留等待法院判决时，是否会被开除需根据最终判决结果及具体情节来确定。在处理此类问题时，应综合考虑法律规定、案件实际情况及犯罪情节严重程度等因素。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。