结论：分居两年，若未通过法定程序办理离婚手续，夫妻双方仍然是合法夫妻。

详细分析：

1. 婚姻关系的法律性质：

   • 在我国，婚姻关系的建立与解除均遵循严格的法律程序。婚姻关系自双方办理结婚登记，领取结婚证时起确立，这是婚姻关系成立的唯一法定标志。
   • 婚姻关系的解除，则必须通过协议离婚或诉讼离婚两种法定途径进行。未经过这些程序，婚姻关系不会自动解除。

2. 分居的法律意义：

   • 分居是指夫妻双方在婚姻关系存续期间，由于感情不和或其他原因而分开居住，不再共同生活。它只是一种居住状态的体现，并不影响婚姻关系的合法性。
   • 分居本身不会直接导致婚姻关系的解除，无论分居时间多长。在离婚诉讼中，分居满两年可以作为法院认定夫妻感情破裂的一个参考因素，但并非决定性因素，且仍需通过法定程序来解除婚姻关系。

3. 分居期间的权利与义务：

   • 即使夫妻分居，双方仍然是合法夫妻，仍具有夫妻之间的权利和义务。例如，夫妻之间仍有相互扶养的义务，对共同财产仍有平等的处理权等。
   • 分居期间，若一方以个人名义所负的债务，除非能够证明该债务用于夫妻共同生活或共同生产经营，否则一般视为个人债务，由负债方自行承担。

4. 解除婚姻关系的法定程序：

   • 协议离婚：夫妻双方需自愿签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。经审查符合条件，度过离婚冷静期后，婚姻登记机关会发给离婚证，此时婚姻关系才正式解除。
   • 诉讼离婚：一方可向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。法院在审理过程中，会综合考虑夫妻感情是否确已破裂（其中，因感情不和分居满二年是认定感情破裂的法定情形之一）以及是否有和好的可能等因素。若调解无效，法院会判决准予离婚，自离婚判决书或调解书生效时起，婚姻关系解除。

建议：

• 如果您和您的配偶已经分居两年，且希望解除婚姻关系，建议您首先尝试与配偶协商，看是否能够达成离婚协议，并共同到婚姻登记机关办理离婚登记。
• 如果协商不成，您可以向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明分居的事实以及夫妻感情确已破裂的情况。
• 无论选择哪种方式解除婚姻关系，都建议您在行动前咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保护。

后续思考依据：

• 在处理离婚纠纷时，了解婚姻关系的法律性质、分居的法律意义以及解除婚姻关系的法定程序是非常重要的。这些知识将帮助您更好地理解自己的法律地位，以及可能面临的法律后果。
• 如果您在分居期间遇到任何法律问题或纠纷，如财产分割、子女抚养等，也可以随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。