同居两年以上并不算合法夫妻。在我国，合法的婚姻关系有着明确的法定要件，即男女双方必须亲自到婚姻登记机关申请结婚登记，并符合法律规定的条件。当登记机关核准登记并发给结婚证后，这段婚姻关系才正式受到法律的承认和保护。这是确立夫妻关系唯一合法的途径。以下是对这一问题的详细分析：
一、婚姻关系的确立与法律保护
法定程序：根据我国相关法律规定，结婚的唯一法定程序是双方亲自到婚姻登记机关进行结婚登记，并领取结婚证。这是确立合法夫妻关系的必经之路，也是法律对婚姻关系进行保护和约束的基础。
法律认可与保护：只有经过登记，婚姻关系才会被法律所认可和保护。夫妻双方才能依法享有相互继承遗产、要求对方扶养等权利，并承担相应的义务。这些权益和义务是法律赋予合法夫妻的，非婚同居关系则无法享受。
二、事实婚姻的认定与处理
不再承认事实婚姻：自1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，我国法律上不再承认新的事实婚姻。即，此后即使男女双方以夫妻名义共同生活多年，只要没有进行结婚登记，就不能构成法律意义上的夫妻关系。这一规定是为了维护婚姻登记的严肃性和法律秩序的稳定性。
历史遗留问题处理：对于1994年2月1日之前已经符合结婚实质要件，但未办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女双方，按事实婚姻处理。这种情况下，会被认定为存在合法的婚姻关系。但这是一个基于特定历史情况的特殊规定，并不适用于之后的同居关系。
三、非婚同居的法律后果
不受法律保护：如果男女双方未进行结婚登记而同居，无论同居时间多长，甚至育有子女，都不能被视为合法的夫妻关系。这样的关系在法律上是不受保护的，一旦发生纠纷，双方可能无法享受到法律赋予的权益和保障。
权益无法保障：在非婚同居关系中，双方在财产分割、继承等方面无法享受到夫妻间的权益。例如，一方去世时，另一方可能无法作为法定继承人继承遗产。此外，在共同债务承担、子女抚养等方面也可能存在法律风险。
四、建议与提醒
鉴于上述法律规定和实际情况，如果你希望与伴侣建立合法的夫妻关系，并享受相应的法律保护和权益，建议尽快前往当地的婚姻登记机关办理结婚登记手续。这样不仅能确保你们的关系得到法律的承认和保护，还能为你们未来的生活提供更加稳定和可靠的保障。
如果你在办理结婚登记过程中遇到任何问题或疑虑，或者对婚姻法律方面有其他疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议和帮助。