在未查清非法经营流水，只有嫌疑人供述的情况下，检察院的处理方式会综合考虑多种因素，但通常不会仅凭供述就作出起诉决定。以下是我从不同角度为你详细分析的情况：

1. 证据的充分性：

   • 在刑事诉讼中，证据的充分性是起诉的关键。检察院在审查案件时，会严格评估证据的完整性和可靠性。非法经营流水作为重要的客观证据，对于证明犯罪事实和量刑具有关键作用。
   • 如果只有嫌疑人的供述，而没有其他客观证据（如银行交易记录、合同、发票等）来佐证，那么检察院可能会认为证据不足，从而要求公安机关补充侦查或作出不起诉决定。

2. 供述的可靠性：

   • 嫌疑人的供述虽然是证据的一种，但其可靠性需要仔细评估。如果供述存在矛盾、不合理之处，或者与其他证据相冲突，那么其证明力就会大打折扣。
   • 检察院在审查供述时，会考虑供述的自愿性、真实性以及是否有其他证据支持等因素。如果供述被认为不可靠，检察院将不会仅凭此作出起诉决定。

3. 法律程序的要求：

   • 根据刑事诉讼法的规定，检察院在提起公诉前，必须确保案件事实清楚，证据确实、充分。这是法律对起诉条件的基本要求。
   • 在未查清非法经营流水的情况下，如果检察院认为证据不足，它可以选择退回公安机关补充侦查，或者自行补充侦查。如果经过补充侦查后，证据仍然不足，检察院将作出不起诉决定。

4. 可能的处理结果：

   • 退回补充侦查：如果检察院认为案件需要更多证据来支持起诉，它可能会将案件退回公安机关，要求进一步补充侦查非法经营流水等相关证据。
   • 不起诉决定：如果经过补充侦查后，证据仍然不足以证明犯罪事实，或者检察院认为起诉不符合法律规定的条件，它可能会作出不起诉决定。
   • 提起公诉（但这种情况较为罕见）：在极少数情况下，如果检察院认为嫌疑人的供述足够可靠，且有其他间接证据支持，同时考虑到案件的社会影响等因素，它可能会选择提起公诉。但这种情况通常需要严格的审查和批准程序。

给你的建议：

• 如果你或你认识的人正面临这样的情况，我建议积极配合公安机关的调查工作，同时寻求专业律师的帮助。律师可以协助你分析案件情况，提供法律意见，并在必要时代表你与检察院进行沟通。
• 记住，证据是刑事诉讼的核心。在案件处理过程中，要尽可能收集和保留所有可能证明你无罪或罪轻的证据。

如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于刑事辩护的律师，我会尽我所能为你提供专业的法律支持。