在二审过程中，如果发现一审原告主体不适格（这里虽提及的是原告，但问题核心围绕主体不适格的处理，原理同样适用于被告主体不适格的情况，我们以此为框架进行解答），或者更具体地说，是二审中发现部分被告主体不适格，这是一个需要细致且谨慎处理的问题。以下是根据相关法律法规和司法实践，为您提供的详细处理方式：
一、法院依职权审查与处理
裁定撤销原判决，发回重审
- 适用情形：如果不适格的被告涉及案件的关键事实、法律关系等核心问题，导致整个案件的审理方向受到影响，或者原判决存在严重违反法定程序（如遗漏必须参加诉讼的当事人）的情形，且这些情形可能影响案件的正确判决。
- 法律后果：二审法院会裁定撤销原判决，将案件发回原审人民法院重审。原审人民法院在重新审理时，应当追加或变更适格的被告。
依法改判或驳回起诉
- 适用情形：如果不适格的被告不影响案件基本事实的认定和整体法律关系的判断，或者原判决认定事实清楚，但适用法律错误（仅针对不适格被告部分）。
- 处理步骤：二审法院可以直接改判，驳回对不适格被告的诉讼请求；或者，如果案件中存在其他适格被告，且其责任可以独立认定的，二审法院可以在纠正被告主体错误后，直接作出判决。
二、当事人申请变更或追加被告
- 适用情形：当事人在二审过程中发现部分被告主体不适格，且存在其他可能承担责任的主体。
- 处理步骤：
- 当事人有权向二审法院申请变更适格的被告或追加必要共同诉讼被告。
- 二审法院将对申请进行审查，判断其合理性及是否符合法定程序和条件。
- 如申请合理，法院可能允许变更或追加被告，并根据案情决定是继续二审还是发回重审。
三、调解处理
- 适用情形：如果双方当事人同意调解，且调解协议不违反法律法规的强制性规定。
- 处理结果：二审法院可以组织各方当事人进行调解，若能通过调解使各方就纠纷解决方案达成一致，包括对不适格被告问题的处理，则可制作调解书结案，以快速、妥善解决纠纷。
四、原告撤回对不适格被告的起诉（或类似处理）
- 适用情形：在某些情况下，原告（或在此情境下，可理解为提出主张的一方）可考虑撤回对不适格被告的起诉，以避免程序上的麻烦。
- 处理步骤：原告可向二审法院提出撤回起诉的申请，法院将审查申请的合理性及是否符合法律规定。如允许撤回，原告可重新起诉适格的被告，或根据案情决定是否继续诉讼。
五、法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十七条：第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照不同情形分别处理，包括裁定撤销原判决发回重审、依法改判等。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百二十五条：必须参加诉讼的当事人或者有独立请求权的第三人，在第一审程序中未参加诉讼，第二审人民法院可以根据当事人自愿的原则予以调解；调解不成的，发回重审。
总结与建议
在处理二审中部分被告主体不适格的问题时，应充分考虑案件的具体情况、法律法规的规定以及当事人的合法权益。法院应依职权进行审查并作出相应裁定，同时当事人也有权申请变更或追加被告、通过调解或撤回起诉等方式解决问题。由于法律程序的复杂性和专业性，建议您在遇到此类问题时及时咨询专业律师或法律顾问，以获得更准确、更专业的建议和指导。