面对两人合伙开店账目不清且对方把账本丢失的情况，首先不要慌乱，这是可以通过一系列措施来解决的。以下是一些具体的建议：

1. 内部沟通协商：

   • 启动紧急沟通：尽管账本丢失，但双方应保持冷静，通过面对面的会议或视频会议，就账目不清的问题进行深入讨论。可以回忆并整理出已知的收支情况，包括收入来源、支出项目等，尽量还原账目。
   • 明确沟通目的：沟通的目的是为了解决问题，而非互相指责。双方应坦诚相待，共同寻找解决方案。
   • 制定临时核对计划：在账本丢失的情况下，可以共同制定一个临时的账目核对计划，比如利用电子记录、银行流水、收据等替代材料，对过往的收支账目进行逐一核对。

2. 借助第三方专业机构：

   • 聘请会计师事务所：由于账本丢失，自行理清账目可能较为困难。此时，可以考虑聘请专业的会计师事务所进行审计。会计师会依据专业的审计方法和标准，对合伙期间的财务状况进行全面审查，并尝试根据现有材料重建账目，找出账目不清的原因，出具权威的审计报告。
   • 咨询律师：在处理账目问题的同时，也应咨询专业律师，了解在账目管理方面的权利和义务，以及在账目不清且账本丢失情况下的法律救济途径。律师可以提供针对性的法律建议，帮助评估法律风险，制定合适的应对策略。

3. 法律途径解决：

   • 发送律师函：若账目问题严重，且内部沟通与审计均无果，可以委托我（耿学军律师）向责任方发送律师函，明确指出其账目管理方面的问题及应承担的责任，并要求其在限定时间内整改并提供方案。
   • 申请仲裁（若有仲裁协议）：如果合伙协议中包含了仲裁条款，可以根据仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活高效，且仲裁裁决具有终局性，有助于快速解决争议。
   • 提起诉讼：若无仲裁协议或仲裁协议无效，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据进行审理，并作出公正判决。此时，需要准备充分的证据来支持自己的主张，如银行流水、收据、聊天记录等，这些都可以作为重建账目的依据。

4. 预防措施与后续管理：

   • 签订详细的合伙协议：在未来的合伙创业中，务必签订详细的合伙协议，明确各合伙人的职责、权利和义务，特别是关于财务管理的规定。协议中应包含账目管理、审计、争议解决等条款，以预防类似问题的再次发生。
   • 建立严格的财务管理制度：制定并执行严格的财务管理制度，包括记账方式、报销流程、定期财务审计等内容。确保每一笔交易都有明确的记录和凭证，便于随时核查和审计。
   • 定期备份账目资料：为了防止账本丢失等意外情况的发生，应定期备份账目资料，如电子账目、扫描件等。这样即使原始账本丢失，也能迅速恢复账目信息。

面对账目不清且账本丢失的情况，关键在于保持冷静、积极沟通、借助专业力量，并通过法律途径维护自己的合法权益。同时，加强预防措施和后续管理也是避免类似问题再次发生的关键。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。