结论：将第三调旱地确权为水田的行为是否合法，需根据具体情况判断，包括土地性质是否实际改变、确权程序是否合法合规以及是否符合当地土地利用规划等。以下是对此问题的详细分析：
一、土地性质与确权的基本原则
- 土地性质：旱地与水田在土地利用类型上存在显著差异，旱地主要用于种植旱作物，而水田则用于种植水稻等水生作物。土地性质的确定通常基于其自然条件、灌溉设施以及长期以来的利用方式。
- 确权原则：土地确权是依法确定土地所有权、使用权和他项权利的归属、内容与界限的法律行为。确权应基于土地的实际状况，包括土地类型、面积、位置等，并遵循相关法律法规和政策规定。
二、将旱地确权为水田的合法性分析
土地性质未实际改变：
- 如果土地的实际性质并未因灌溉设施的改善或其他因素而发生改变，即仍为旱地，那么将其确权为水田则缺乏事实依据，可能构成违法确权。
确权程序不合法：
- 确权程序应依法进行，包括申请、审核、公示、登记等环节。如果确权过程中存在程序瑕疵，如未按规定进行公示、未征求相关权利人意见等，那么确权结果可能因程序不合法而被撤销或宣告无效。
不符合土地利用规划：
- 土地利用规划是指导土地利用和管理的纲领性文件。如果将旱地确权为水田的行为不符合当地土地利用总体规划或专项规划的要求，那么该行为可能因违反规划而无效。
三、可能面临的法律后果
行政处罚：
- 如果确权行为被认定为违法，相关部门可能依法对责任主体进行行政处罚，包括警告、罚款、没收违法所得等。
民事责任：
- 如果确权行为导致他人合法权益受损，责任主体可能需承担民事赔偿责任，包括赔偿损失、恢复原状等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果确权行为构成犯罪，如滥用职权罪、玩忽职守罪等，责任主体可能面临刑事追究。
四、建议与措施
核实土地性质：
- 在进行土地确权前，应首先核实土地的实际性质，确保确权结果与土地实际状况相符。
遵循确权程序：
- 严格按照法律法规和政策规定的程序进行确权，确保确权过程的合法性和公正性。
符合土地利用规划：
- 确保确权行为符合当地土地利用总体规划或专项规划的要求，避免因违反规划而引发法律纠纷。
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综上所述，将第三调旱地确权为水田的行为是否合法，需根据具体情况判断。在进行土地确权时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保确权结果的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。