关于三个股东中一人直管工资的计算问题，这主要取决于公司内部的约定以及该股东的职责范围。以下是从不同角度的分析：
如果公司章程或股东协议中有明确约定：
- 若公司章程或股东协议中明确规定了该股东负责工资的计算与发放，并且也明确了工资的计算方式（如基于业绩、职位、工时等），那么该股东应按照这些规定来计算工资。
- 计算公式示例（假设工资基于业绩计算）：工资 = 业绩 × 提成比例。其中，业绩和提成比例应根据公司章程或股东协议中的规定来确定。
如果公司章程或股东协议中没有明确约定，但该股东实际负责工资管理：
- 在这种情况下，该股东应基于公平、合理的原则来计算工资，并确保工资的计算方式不违反法律法规（如最低工资标准、加班费规定等）。
- 如果该股东在计算工资时存在不公平或违法行为，其他股东或员工有权提出异议，并可能要求该股东承担相应的法律责任。
- 建议操作：该股东可以与其他股东协商，制定一个公平、合理的工资计算方案，并确保该方案得到所有股东的认可。
从法律责任的角度考虑：
- 无论公司章程或股东协议中是否有明确约定，该股东在计算工资时都必须遵守相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。
- 如果该股东在计算工资时违反了法律法规，公司或其他股东、员工有权向相关部门投诉或提起诉讼，要求该股东承担相应的法律责任。
关于工资计算的透明度与公正性：
- 为了确保工资计算的透明度与公正性，建议公司建立一套完善的工资管理制度，明确工资的计算方式、发放时间等关键信息。
- 该股东在负责工资计算时，应确保所有员工都能了解到自己的工资构成和计算方式，避免出现不公平或误解的情况。
总结与建议：
- 首先，检查公司章程或股东协议中是否有关于工资计算的明确约定。
- 如果没有明确约定，但该股东实际负责工资管理，那么应基于公平、合理的原则来计算工资，并确保遵守相关法律法规。
- 为了确保工资计算的透明度与公正性，建议公司建立一套完善的工资管理制度。
- 如果在处理过程中遇到任何法律问题或争议，建议及时咨询专业律师（即我本人，张华建律师，专注于刑事辩护、公司事务领域），以确保公司的合法权益得到保障。
如有任何进一步的问题或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。