结论：员工偷了两三次是否会一起处罚，取决于盗窃行为是否构成连续犯、是否被公安机关或司法机关作为同一案件处理，以及盗窃金额是否达到刑事立案标准。以下从不同角度详细分析：

一、从连续犯的角度分析

如果员工的两三次盗窃行为是在一段时间内连续实施，且每次盗窃的对象、手段、目的等具有相似性，可能构成连续犯。在连续犯的情况下，司法机关通常会将这些盗窃行为视为一个整体进行处罚，而不是分别处罚。这是因为连续犯反映了犯罪人的一种持续的犯罪故意和犯罪行为，将其作为一个整体处理更符合罪责刑相适应的原则。

法律依据：虽然我国刑法没有明确规定连续犯的概念，但在司法实践中，对于连续实施的同种犯罪，通常会按照一罪从重处罚或者按照犯罪数额累计计算处罚。例如，在盗窃罪中，如果多次盗窃的金额累计达到刑事立案标准，将按照盗窃罪一罪进行处罚。

二、从是否被公安机关或司法机关作为同一案件处理的角度分析

1. 如果两三次盗窃行为被公安机关或司法机关作为同一案件处理：

   • 那么这些盗窃行为将被视为一个整体，根据盗窃的总金额、情节等因素进行定罪量刑。
   • 如果盗窃金额达到刑事立案标准，将构成盗窃罪，面临刑事处罚。

2. 如果两三次盗窃行为被公安机关或司法机关作为不同案件处理：

   • 那么每次盗窃行为都将单独进行定罪量刑。
   • 如果每次盗窃金额都未达到刑事立案标准，但多次盗窃的，也可能根据《治安管理处罚法》进行行政处罚，如罚款、拘留等。
   • 如果其中一次或多次盗窃金额达到刑事立案标准，则构成盗窃罪，面临刑事处罚。同时，对于未达到刑事立案标准的盗窃行为，也可能作为量刑情节予以考虑。

三、从盗窃金额是否达到刑事立案标准的角度分析

1. 如果盗窃金额累计达到刑事立案标准：

   • 无论盗窃行为是否被作为同一案件处理，都可能构成盗窃罪，面临刑事处罚。
   • 刑事处罚的轻重将根据盗窃金额、情节、犯罪人的认罪态度等因素进行综合考量。

2. 如果盗窃金额累计未达到刑事立案标准：

   • 如果盗窃行为被作为同一案件处理，可能根据《治安管理处罚法》进行行政处罚。
   • 如果盗窃行为被作为不同案件处理，且每次盗窃金额都未达到刑事立案标准，则可能分别受到行政处罚或不予处罚（如果情节显著轻微）。

建议：

• 如果员工涉嫌盗窃，建议尽快向公安机关自首，并如实供述自己的罪行。自首是法定的从轻或减轻处罚情节，有助于员工获得更轻的处罚。
• 如果员工对盗窃行为有异议或认为自己的行为不构成犯罪，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并制定合适的辩护策略。

后续思考：在处理此类案件时，还需要考虑员工的盗窃动机、手段、是否退赃退赔、是否取得被害人谅解等因素，这些因素都可能影响最终的定罪量刑。因此，在具体案件中，需要综合分析各种因素，制定合适的法律策略。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。