企业持有合法手续但面临政府取缔时，首先需明确的是：政府取缔行为必须依法进行，企业有权通过法律途径维护自身合法权益。 以下是具体分析和建议：

1. 核查政府取缔的法律依据与程序合法性
   政府取缔企业通常基于《行政许可法》《行政处罚法》或行业专项法规（如环保、安全生产领域）。企业应第一时间要求政府出具书面取缔决定，明确：

   • 取缔所依据的具体法律条款（如《环境保护法》第60条对严重污染企业的关停规定）；
     
   • 是否履行了听证、告知等法定程序（如《行政处罚法》第44条规定的告知义务）；
     
   • 取缔决定是否附带整改期限或复议/诉讼权利告知。
     若政府未依法履行程序或引用法律错误，企业可主张取缔行为违法。

2. 区分“取缔”与“吊销许可”的法律性质

   • 取缔：通常针对无证经营或严重违法企业，属于行政强制措施（如《无证无照经营查处办法》第11条）；
     
   • 吊销许可：针对已取得合法手续但违规的企业，属于行政处罚（如《公司法》第211条对虚假注册的处罚）。
     若企业手续合法，政府直接取缔可能涉嫌程序违法，企业可要求政府先吊销许可再执行取缔。

3. 紧急应对措施：申请行政复议或提起行政诉讼

   • 行政复议：自知道取缔决定之日起60日内，向上一级政府或主管部门申请复议，要求撤销或变更决定（如《行政复议法》第9条）；
     
   • 行政诉讼：若复议未果，可在6个月内直接向法院起诉，主张政府行为超越职权、违反法定程序或适用法律错误（如《行政诉讼法》第12条）。
     建议同步申请法院“停止执行”取缔决定，避免企业停产损失扩大（如《行政诉讼法》第56条）。

4. 实质性抗辩：证明企业符合持续经营条件
   企业可收集以下证据证明取缔不合理：

   • 合法手续文件（营业执照、环评批复、安全生产许可等）；
     
   • 近三年合规经营记录（纳税证明、环保检测报告、安全培训记录等）；
     
   • 政府此前出具的“无违法记录”证明或表彰文件；
     
   • 取缔将导致的重大社会影响（如员工失业、供应链中断等）。
     若企业确属轻微违规，可主张政府应优先责令整改而非直接取缔（如《行政处罚法》第5条规定的“过罚相当”原则）。

5. 协商与调解：争取政府撤回或修改决定
   在法律程序外，企业可尝试通过以下途径协商：

   • 委托律师与政府法制部门沟通，指出取缔行为的法律风险；
     
   • 提出整改方案（如升级环保设备、完善安全制度）并承诺限期完成；
     
   • 引入第三方机构（如行业协会、环保组织）出具合规评估报告。
     实践中，部分政府可能因“一刀切”政策被问责，企业主动整改可能换取政策弹性。

最后提醒：企业应避免与政府发生直接冲突，所有沟通均通过书面形式留存证据。若取缔决定已执行，务必在法定期限内启动法律程序，逾期将丧失救济权利。如有具体文件或政府行为细节，可进一步向我咨询，我将结合案例为您制定应对方案。