结论：单位扣押你的毕业证书是违法的，你有权要求单位返还，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
法律背景与解释：
毕业证书的性质：毕业证书是个人学历的证明，属于个人财产的一部分，具有人身专属性。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，任何组织或者个人不得非法扣押他人财物，包括具有人身专属性的证件。
单位的违法行为：单位扣押你的毕业证书，无论出于何种原因（如你欠单位钱），都是违法的。单位无权扣押你的个人证件作为债务的担保或惩罚措施。
你的权利：你有权要求单位立即返还被扣押的毕业证书。如果单位拒绝返还，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者向人民法院提起诉讼，要求单位承担法律责任并返还毕业证书。
法律建议：
与单位协商：首先，你可以尝试与单位进行协商，明确告知单位扣押毕业证书是违法的，并要求单位立即返还。在协商过程中，你可以提出合理的还款计划，以解决你欠单位钱的问题。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查，并可以责令单位返还被扣押的毕业证书。
提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的要求，或者单位拒绝执行劳动监察部门的决定，你可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明单位扣押了你的毕业证书，并要求法院判决单位返还毕业证书并承担相应的法律责任。
可能的法律后果：
单位承担法律责任：如果单位被认定扣押你的毕业证书是违法的，单位可能需要承担返还毕业证书、赔偿损失等法律责任。
影响单位信誉：单位的违法行为可能会对其信誉造成负面影响，进而影响其业务发展和市场竞争力。
后续行动建议：
保留证据：在与单位协商、投诉或诉讼过程中，你需要保留好相关证据，如扣押毕业证书的证明、与单位的沟通记录等。
及时行动：一旦发现单位扣押了你的毕业证书，你应该及时采取行动，避免延误时机导致证据丢失或法律后果加重。
如果你在处理此事过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。