事业单位员工非法同居的处理需分情况讨论，主要依据单位规章制度、同居行为性质及是否造成不良影响综合判断，具体如下：

1. 若单位规章制度明确禁止非法同居，且员工行为违反规定
   事业单位作为公职单位，通常对员工行为有更高要求。若单位《员工手册》或《纪律处分条例》中明确规定“禁止与他人非法同居”或“违反公序良俗的行为将受处分”，且员工行为被查实（如被举报、证据确凿），单位可依据内部规定给予警告、记过、降级甚至解除劳动合同等处分。
   法律依据：根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十一条，违反社会公德、家庭美德的行为，可给予警告或记过处分；情节较重的，给予降低岗位等级或撤职处分；情节严重的，给予开除处分。非法同居若被认定为“违反社会公德”，可能触发上述条款。

2. 若单位无明确规定，但同居行为造成恶劣影响
   即使单位未明确禁止非法同居，若员工行为引发社会舆论（如被媒体曝光）、影响单位声誉（如同事议论、工作秩序混乱），或涉及重婚、与未成年人同居等违法情形，单位仍可能以“严重违反职业道德”或“损害单位利益”为由，依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。
   关键点：单位需证明行为与工作或单位利益存在直接关联，且处分程序合法（如经工会或职工代表大会讨论）。

3. 若同居行为仅涉及个人隐私，未违反单位规定或造成影响
   若员工非法同居属于个人生活范畴，未被单位知晓或未影响工作，单位通常无权干涉。但需注意，若同居对象为现役军人配偶，可能涉嫌破坏军婚罪（《刑法》第二百五十九条），此时不仅单位可能介入，还可能面临刑事责任。

建议：

• 对员工而言，若面临单位处分，可要求单位出具书面处分决定，并核查处分依据是否合法、程序是否合规；若认为处分不当，可申请劳动仲裁或提起诉讼。
  
• 对单位而言，若需规范员工行为，建议完善内部规章制度，明确禁止性条款及处分标准，并确保制度经民主程序制定、公示或告知员工。
  

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