结论：在诉讼过程中，若被告已还清借款但因未给付诉讼费原告不撤诉，法院会根据案件实际情况进行审查，并依法作出公正裁决。具体来说，法院可能会终结诉讼程序，也可能会继续审理以确认其他争议点（如有）。
详细分析：
被告已还清借款的事实认定：
- 被告需提供充分证据证明已还清借款，如银行转账记录、收条、微信或支付宝转账截图等。这些证据应能清晰显示还款的时间、金额及方式，以证明债务确实已经履行完毕。
原告不撤诉的原因及应对：
- 原告不撤诉可能出于多种原因，如未收到还款证据、对还款事实有异议、希望继续追究其他责任（如利息、违约金等）或出于诉讼策略考虑。
- 被告应主动与原告沟通，明确告知其债务已经清偿的事实，并提醒对方及时向法院提交撤诉申请。同时，保留好与原告的沟通记录，以备后续需要。
法院的审查与裁决：
- 被告在向法院提供还款证据后，法院会对这些证据进行审查，以确认债务是否确实已经履行完毕。
- 如果法院确认债务已清偿，且没有其他争议点，法院可能会裁定终结诉讼程序。这意味着案件将不再继续审理，原告的诉讼请求将不被支持。
- 如果法院认为存在其他争议点（如利息、违约金等），或者原告对还款事实有异议并提供了相应证据，法院可能会继续审理案件，并依法作出裁决。
诉讼费的承担：
- 诉讼费通常由败诉方承担。但在此情况下，由于被告已还清借款，且原告未撤诉可能并非完全基于合理理由，因此诉讼费的承担可能会根据法院的裁决和具体情况进行分配。
- 如果法院裁定终结诉讼程序，且确认被告已还清借款，那么原告可能需要承担部分或全部诉讼费。
被告的后续行动建议：
- 被告应继续保留好所有与还款和诉讼相关的证据和文件，以备后续需要。
- 如果法院继续审理案件，被告应积极应诉，提供充分证据支持自己的主张。
- 被告也可以考虑与原告进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案，避免进一步的法律纠纷。
示例说明：
假设甲向乙借款10万元，并约定了还款期限。到期后，甲按时还清了借款，但乙因未收到甲支付的诉讼费（假设之前乙已提起诉讼并预交了诉讼费）而拒绝撤诉。在此情况下，甲应主动与乙沟通，提供还款证据，并提醒乙及时向法院提交撤诉申请。如果乙仍不撤诉，甲可以向法院提供还款证据，并申请法院审查并终结诉讼程序。如果法院确认债务已清偿且没有其他争议点，法院将裁定终结诉讼程序，乙的诉讼请求将不被支持。
特殊情况考虑：
- 如果原告在诉讼中提出了其他诉讼请求（如利息、违约金等），且这些请求与还款事实相关联，法院可能会继续审理这些请求，并依法作出裁决。
- 如果被告在还款过程中存在瑕疵（如部分还款、逾期还款等），且这些瑕疵被原告作为不撤诉的理由，法院可能会根据具体情况进行裁决，并可能要求被告承担相应的责任。
总之，在诉讼过程中，若被告已还清借款但因未给付诉讼费原告不撤诉，被告应积极应对，提供充分证据支持自己的主张，并尊重法律程序和法院的裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。