违章建筑并非超过两年就一定不再追究，只要其违法状态持续存在，相关部门在任何时候都有权依法对其进行查处和要求限期拆除等处罚措施。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律依据与行政处罚期限
《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定：
- 根据该法第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，通常不再给予行政处罚；但若涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，这一期限可延长至五年。不过，这一规定并不绝对，因为法律还另有规定的情况。
- 对于违章建筑而言，其违法状态往往是持续存在的（即具有继续状态），因此计算处罚期限时，应从违法状态终了之日起计算，而非从违章建筑建成之日起算。这意味着，只要违章建筑未被拆除，其违法状态就一直在持续，行政机关便有权在任何时候依法对其作出处罚。
《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定：
- 该法并未对违章建筑的查处设定具体的时间限制。只要违章建筑存在且违反了相关法律法规的规定，相关部门就有权对其进行查处，并要求违建者承担相应的法律责任，这包括但不限于罚款和拆除等措施。
违章建筑的违法性质与处理
违章建筑的违法性质：
- 违章建筑是指未取得建设工程规划许可证或未按建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物、构筑物等。其核心特征是违反了城乡规划等相关法律法规的规定，这种违法性不会因时间的流逝而改变。
行政机关的处理权力：
- 即使违章建筑存在超过两年，一旦被发现，行政机关依然有权依法对其作出处理决定。根据《城乡规划法》，对于违章建筑，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门可以采取多种措施，包括责令停止建设、限期改正并处罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等。
实际执法中的考虑因素
- 地方政策与执行标准：
- 在实际执法中，不同地方政府可能会根据当地实际情况和需要，制定具体的执行政策和标准。这些政策和标准可能在某些方面对违章建筑的处理有所细化或补充。但无论如何，违章建筑的违法性质不会因地方政策或执行标准的不同而改变。
法律后果与应对措施
法律后果：
- 违章建筑不仅面临行政机关的处理，如果对他人造成了损害，还可能承担民事赔偿责任。此外，违章建筑还可能影响房屋的产权登记、转让、抵押等法律行为的有效性。
应对措施：
- 若建筑被认定为违章建筑，建议尽快咨询我，了解具体的法律程序和应对措施。例如，可以申请补办相关手续以合法化建筑，或者在行政机关要求拆除时寻求法律救济等。
总结：违章建筑无论存在多久，其违法性质都不会因时间的推移而改变。行政机关有权依法对违章建筑进行处理，且可能面临包括拆除、罚款等在内的多种法律后果。因此，建议建筑所有人或使用人在发现建筑可能存在违法情况时，及时向我咨询并采取相应措施，以避免不必要的法律风险和经济损失。