结论前置：企业因营业执照丢失而登记作废，并不意味着原企业就不合法存在了。企业的合法存在与否，与其营业执照的状态无直接必然联系，而是取决于企业是否依法完成设立登记、是否处于合法存续状态以及是否依法进行清算并注销等关键因素。

详细分析：

1. 营业执照的作用与性质：

   • 营业执照是企业合法经营的凭证，它证明了企业已经依法完成了设立登记，并获得了从事特定经营活动的资格。
   • 营业执照的丢失或作废，只是意味着企业暂时失去了这一纸质凭证，但并不影响企业本身的合法存在和经营资格（在补办或重新取得营业执照前，企业可能需遵守特定规定或限制，如暂停部分经营活动）。

2. 企业合法存在的条件：

   • 企业合法存在的基础是其依法完成了设立登记，并获得了市场监管部门的批准。
   • 只要企业未依法进行清算并注销，且未违反相关法律法规导致被吊销营业执照或撤销登记，企业就仍然合法存在。

3. 营业执照作废后的处理：

   • 当企业营业执照丢失时，应及时向市场监管部门报告，并申请补办或重新取得营业执照。
   • 在补办或重新取得营业执照前，企业可能需遵守特定规定或限制，如暂停部分经营活动、在指定媒体上刊登营业执照作废声明等。
   • 这些措施旨在保护企业利益、维护市场秩序和保障交易安全，但并不改变企业本身的合法存在状态。

4. 可能影响企业合法存在的情形：

   • 如果企业未依法进行清算并注销，而是擅自停止经营或解散，这可能导致企业被依法吊销营业执照或撤销登记，从而失去合法存在的基础。
   • 如果企业违反相关法律法规，如从事非法经营活动、未按时年检等，也可能导致营业执照被吊销或企业被撤销登记。

法律建议：

• 如果您的企业营业执照丢失，请及时向市场监管部门报告，并按照规定申请补办或重新取得营业执照。
• 在补办或重新取得营业执照前，请遵守相关法律法规和规定，确保企业的合法经营和交易安全。
• 如果您对企业合法存在状态有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或市场监管部门，以获取准确和权威的法律意见。

总结：企业因营业执照丢失而登记作废，并不改变企业本身的合法存在状态。企业的合法存在与否，取决于其是否依法完成设立登记、是否处于合法存续状态以及是否依法进行清算并注销等关键因素。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。