核心结论：员工因吸烟烧坏车辆，赔偿问题需根据具体情况判断，主要涉及员工是否存在故意或重大过失、公司规章制度规定以及双方劳动关系状态等因素。以下分情况说明：

1. 员工存在故意或重大过失
   若员工明知吸烟可能引发火灾，仍故意在车辆内吸烟或未采取必要防范措施（如未熄灭烟头），导致车辆烧坏，属于重大过失或故意行为。根据《民法典》第1165条，员工需承担全部或主要赔偿责任。公司可要求员工赔偿车辆维修费用、贬值损失等实际损失，具体金额需通过评估确定。若员工拒绝赔偿，公司可向法院起诉，但需提供证据证明员工过错（如监控录像、证人证言等）。

2. 员工存在一般过失
   若员工因疏忽（如未完全熄灭烟头）导致车辆烧坏，但未达到重大过失程度，赔偿责任可能减轻。根据《工资支付暂行规定》第16条，公司可从员工工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若车辆价值较高，公司可能需通过协商或诉讼要求员工补充赔偿。

3. 公司规章制度有明确规定
   若公司规章制度中明确禁止在车辆内吸烟，并规定违规后果（如赔偿、处分等），员工需遵守。若员工违反规定导致损失，公司可依据制度要求赔偿，但需确保制度内容合法（如已通过民主程序制定、向员工公示等），否则可能被认定为无效条款。

4. 劳动关系状态影响赔偿方式

   • 在职员工：公司通常通过工资扣除或协商解决赔偿问题，需注意扣除工资的合法性（如前述20%限制）。
     
   • 离职员工：公司可直接要求员工赔偿全部损失，若员工拒绝，可通过劳动仲裁或诉讼解决。需注意，若车辆属于公司财产，可能不适用劳动仲裁，需直接向法院起诉。

建议：

• 公司应保留车辆损坏证据（如照片、维修清单、评估报告）及员工过错证据（如吸烟记录、证人证言）。
  
• 优先与员工协商赔偿，若协商不成，可依据规章制度或法律规定通过法律途径解决。
  
• 若车辆投保了车损险，公司可先向保险公司索赔，再由保险公司向员工追偿（需保险公司同意）。
  

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