公司加班按当地年度最低工资标准来计算加班费，这一做法通常是违法的。以下从几个方面进行详细分析：

法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费应当按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%、200%、300%支付，具体取决于加班的时间（平日、休息日或法定节假日）。这里的“小时工资标准”并非指当地年度最低工资标准，而是劳动者本人在正常工作时间内的工资标准。因此，如果公司仅按照当地年度最低工资标准来计算加班费，显然违反了法律规定。

加班费计算方式

1. 平日加班：按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
2. 休息日加班：如果劳动者不能安排补休，则按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班费。
3. 法定节假日加班：按照不低于劳动者本人小时工资标准的300%支付加班费。

计算公式示例（假设劳动者月工资为W，小时工资为W/21.75/8，其中21.75为月平均工作天数，8为每日工作小时数）：

• 平日加班费：\(加班小时数 \times (W/21.75/8) \times 150\%\)
• 休息日加班费（无补休）：\(加班小时数 \times (W/21.75/8) \times 200\%\)
• 法定节假日加班费：\(加班小时数 \times (W/21.75/8) \times 300\%\)

法律后果

如果公司违反规定，仅按照当地年度最低工资标准支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发加班费差额，并可能面临劳动监察部门的处罚。此外，劳动者还可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

建议

1. 劳动者：如果发现公司存在违法支付加班费的情况，应及时收集相关证据（如加班记录、工资条等），并向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
2. 公司：应严格遵守劳动法律法规，按照规定支付加班费，避免因此引发劳动纠纷和法律风险。

综上所述，公司加班按当地年度最低工资标准来计算加班费是违法的。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。