建设用地建厂房若涉及违章，需根据具体情况采取相应措施，核心处理方式包括自查整改、接受行政处罚、申请补办手续或面临强制拆除等。以下从不同角度详细说明：

1. 自查与确认违章性质
   首先需明确厂房违章的具体情形，例如：

   • 未取得建设工程规划许可证：建设前未依法申请或未获批准；
     
   • 超出规划许可范围：如建筑面积、高度、用途等超出审批内容；
     
   • 占用非建设用地：如实际用地性质为耕地、林地等非建设用地；
     
   • 违反消防、环保等专项规定：如未通过消防验收、环保评估等。
     建议：通过当地自然资源局（原国土局）、规划局或综合执法局查询厂房的规划审批文件，确认违章性质。

2. 主动整改与补办手续

   • 若违章情节较轻（如部分超建、资料缺失）：
     可向规划部门申请补办《建设工程规划许可证》或《乡村建设规划许可证》，需提交土地权属证明、设计图纸等材料，并缴纳罚款（如按建筑面积处以每平方米一定金额的罚款）。
     
   • 若涉及用地性质不符：
     需先向自然资源局申请调整土地用途（如从工业用地转为商业用地），补缴土地出让金差价，再办理规划许可。
     关键点：整改需在行政机关责令限期改正的期限内完成，逾期可能面临更严厉处罚。

3. 接受行政处罚与强制执行

   • 若未主动整改：
     行政机关可作出《责令限期拆除决定书》，要求自行拆除；逾期不拆的，可依法强制拆除，并处建设工程造价5%-10%的罚款。
     
   • 若对处罚有异议：
     可在收到处罚决定后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，通过法律途径争取撤销或变更处罚。
     风险提示：强制拆除不补偿，且可能影响企业信用记录。

4. 历史遗留问题的特殊处理

   • 若厂房建于2008年《城乡规划法》实施前：
     部分地区允许按“历史遗留问题”处理，补缴罚款后完善手续，但需符合当前规划要求（如消防、环保达标）。
     
   • 若涉及集体土地：
     需确认是否符合乡镇总体规划，部分地区允许通过“村改居”或土地征收程序合法化。
     

行动建议：

1. 立即停止施工，委托专业机构评估违章风险；
   
2. 根据违章性质选择整改、补办手续或申请复议/诉讼；
   
3. 保留所有审批文件、缴费凭证等证据，避免被动。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或案例参考。