针对您提出的问题，涉及绿化工程中非国家工作人员多次受贿3000元以及多付工程款导致资金损失100万元的情况，我将从刑事责任和民事责任两个角度进行分析：

一、刑事责任角度

1. 非国家工作人员受贿罪：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，构成非国家工作人员受贿罪。
   • 数额认定：虽然单次受贿3000元可能未达到某些地区规定的“数额较大”的标准（通常为6万元以上，但具体标准可能因地区而异），但多次受贿可能构成“数额较大”或“情节严重”的情形，具体需结合当地司法实践和受贿次数、持续时间等因素综合判断。
   • 法律后果：若构成非国家工作人员受贿罪，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。

2. 职务侵占罪或贪污罪（视主体身份而定）：

   • 若行为人具有国家工作人员身份（如国有企业中的工作人员），则可能构成贪污罪，根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条的规定，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。但在此案例中，行为人被描述为非国家工作人员，因此更可能涉及的是职务侵占罪（若行为人利用职务便利将单位财物非法占为己有）。
   • 职务侵占罪：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。多付工程款导致资金损失100万元，若能证明是行为人利用职务便利故意为之，则可能构成职务侵占罪。
   • 法律后果：职务侵占罪数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。

二、民事责任角度

1. 返还财产与赔偿损失：

   • 返还受贿财物：无论是否构成刑事犯罪，行为人都应返还其非法收受的财物。
   • 赔偿资金损失：对于多付工程款导致的100万元资金损失，行为人若存在过错（如故意或重大过失），应承担赔偿责任。单位可以通过民事诉讼途径要求行为人赔偿损失。

2. 内部追责与制度完善：

   • 内部追责：单位可以根据内部规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
   • 制度完善：单位应加强内部控制和审计制度，防止类似事件再次发生。例如，建立严格的工程款支付审批流程、加强对财务人员的监督和管理等。

综合建议：

1. 立即报案：若怀疑行为人构成刑事犯罪，单位应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料。
2. 收集证据：单位应积极收集与受贿、多付工程款相关的证据材料，如合同、付款凭证、聊天记录等，以便在刑事诉讼或民事诉讼中使用。
3. 咨询专业律师：在处理此类复杂案件时，建议单位咨询专业律师的意见，以便更好地维护自身权益。

最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。若您或您的单位面临类似问题，请直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供更详细的法律建议。