结论：学生与用人单位签订三方协议后，是否需要支付违约金，需根据具体情况判断，主要包括是否约定了违约金条款、是否符合法定免除条件等。以下从不同角度详细分析：
一、三方协议的性质与违约金约定
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它并非劳动合同，但具有预约合同的性质，即约定了毕业生毕业后与用人单位建立劳动关系的意向。
违约金条款的约定：
- 三方协议中可以约定违约金，但违约金的数额和支付条件应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果协议中明确约定了违约金条款，且该条款不违反法律法规，那么当一方违约时，另一方有权要求支付违约金。
违约金的合理性：
- 违约金的数额应当与违约行为所造成的损失相当，不得过高或过低。
- 如果违约金数额过高，违约方可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。
二、法定免除违约金的情形
即使三方协议中约定了违约金条款，但在某些特定情况下，违约方也可能免除支付违约金的义务。
用人单位违约：
- 如果用人单位在协议签订后，因自身原因无法履行协议，如单位撤销、合并、解散等，导致毕业生无法就业的，用人单位应当承担违约责任，但毕业生通常无需支付违约金。
- 如果用人单位在协议签订后，擅自变更协议内容，如降低薪酬、改变工作地点等，且未经毕业生同意的，毕业生有权解除协议，并免除支付违约金的义务。
毕业生违约的免除情形：
- 不可抗力：如因自然灾害、战争等不可抗力因素导致毕业生无法履行协议的，可以免除支付违约金的义务。
- 用人单位过错：如果毕业生能够证明用人单位存在过错，如提供虚假信息、隐瞒重要事实等，导致毕业生签订协议的，毕业生有权解除协议，并免除支付违约金的义务。
- 继续履行不可能：如果因客观情况发生变化，导致毕业生无法继续履行协议的，如毕业生因病无法从事原定工作等，且双方无法就变更协议达成一致的，毕业生可以免除支付违约金的义务。但需注意，此情形下毕业生需提供充分证据证明继续履行不可能。
三、实际操作建议
仔细阅读协议条款：
- 在签订三方协议前，毕业生应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定，确保自己了解并同意相关条款。
与用人单位协商：
- 如果毕业生因特殊原因需要解除协议，应尽早与用人单位协商，寻求双方都能接受的解决方案，避免产生不必要的纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果毕业生与用人单位在违约金问题上产生争议，且无法协商解决，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
示例说明：假设毕业生小李与用人单位A签订了三方协议，并约定了违约金条款。后因用人单位A提供的工作岗位与协议约定不符，小李提出解除协议。在此情况下，如果小李能够证明用人单位A存在过错，且该过错导致小李签订协议的基础发生根本性变化，那么小李有权解除协议，并免除支付违约金的义务。
后续行动建议：如果你或你身边的人遇到了类似问题，建议首先仔细审查三方协议中的违约金条款，并评估是否存在法定免除违约金的情形。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。