在刑事案件开庭时，即使被告不认罪认罚且证据确凿、链条清晰，法官仍然有可能进行调解，但这种情况相对较少，且调解的内容和方式与民事案件有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、刑事案件调解的特殊性
刑事案件与民事案件在调解方面存在显著差异。民事案件中，调解是解决纠纷的一种常见方式，双方当事人可以在自愿、平等的基础上，通过协商达成调解协议，以终结诉讼。而在刑事案件中，调解并非解决纠纷的主要方式，因为刑事案件涉及的是国家对犯罪行为的追究和惩罚，其性质更为严肃。然而，在特定情况下，如涉及附带民事诉讼的刑事案件，调解仍然可能被采用。
二、证据确凿、链条清晰情况下的调解可能性
附带民事诉讼的调解：
- 在刑事案件中，如果被害人提起了附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿经济损失等，那么在这种情况下，法官可能会尝试进行调解。调解的目的是促使双方当事人就民事赔偿部分达成协议，从而简化诉讼程序，提高诉讼效率。
- 即使被告不认罪认罚，但如果其愿意就民事赔偿部分与被害人进行协商，并达成调解协议，那么法官仍然会尊重双方的意愿，并据此作出相应的判决或裁定。
认罪认罚从宽制度的适用：
- 认罪认罚从宽制度是我国刑事诉讼中的一项重要制度，它鼓励犯罪嫌疑人、被告人自愿认罪认罚，并据此给予从宽处理。然而，这一制度的适用并不完全取决于被告是否认罪认罚，还受到其他多种因素的影响，如案件的性质、情节、社会危害程度等。
- 在证据确凿、链条清晰的情况下，如果被告仍然不认罪认罚，那么法官在量刑时可能会考虑这一因素，但并不会因此完全排除调解的可能性。如果被告愿意就其他方面（如民事赔偿、悔罪表现等）与被害人或检察机关进行协商，并达成一致意见，那么法官仍然有可能在量刑时给予一定的从宽处理。
三、调解的注意事项
自愿原则：
- 无论是民事案件还是刑事案件中的调解，都必须遵循自愿原则。即双方当事人必须在自愿、平等的基础上进行协商，任何一方都不得强迫对方接受调解协议。
合法性原则：
- 调解协议的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。在刑事案件中，调解协议尤其不能涉及对犯罪行为的认可或减轻处罚等非法内容。
法官的引导与监督：
- 在调解过程中，法官会发挥引导和监督的作用，确保调解的合法性和公正性。如果调解协议存在违法或显失公平的情况，法官有权拒绝确认调解协议的效力。
总结来说，在刑事案件开庭时，即使被告不认罪认罚且证据确凿、链条清晰，法官仍然有可能在特定情况下（如附带民事诉讼的调解或认罪认罚从宽制度的适用）进行调解。但调解的适用必须遵循自愿、合法等原则，并受到法官的引导和监督。如果您或您身边的人遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。