在非法经营案件中，如果检察机关决定不起诉，通常应由市场监督管理部门进行罚款，罚款依据主要是《中华人民共和国市场主体登记管理条例》《中华人民共和国行政处罚法》以及相关行业法规。具体分析如下：
罚款部门
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，若检察机关对非法经营案件作出不起诉决定（包括法定不起诉、酌定不起诉或存疑不起诉），案件将退回行政机关处理。此时，市场监督管理部门（原工商行政管理部门）作为主管非法经营行为的行政机关，有权依据行政法规对违法行为人实施行政处罚，包括罚款。
若案件涉及特定行业（如金融、药品、烟草等），则可能由对应的主管部门（如银保监会、药监局、烟草专卖局等）行使罚款权。
罚款依据
- 《中华人民共和国市场主体登记管理条例》
该条例明确规定，未经登记从事经营活动（即“无照经营”）的，由登记机关责令改正，没收违法所得，并处以罚款；情节严重的，吊销营业执照。非法经营行为若涉及无照经营，可直接适用此条例。
- 《中华人民共和国行政处罚法》
作为行政处罚的一般性法律，该法规定了罚款的设定、实施程序及原则（如“过罚相当”原则）。市场监管部门在罚款时需遵循此法的程序要求，如告知权利、听取陈述申辩等。
- 行业专项法规
若非法经营行为涉及特定领域（如证券、期货、外汇等），还需结合《中华人民共和国证券法》《期货交易管理条例》《外汇管理条例》等专项法规。例如，非法经营证券业务可能依据《证券法》第188条处以违法所得1倍以上10倍以下罚款。
实务要点
- “行刑衔接”机制：检察机关不起诉后，需将案件移送行政机关，并附不起诉决定书及证据材料。行政机关可据此直接作出行政处罚，无需重新调查取证。
- 罚款与刑事追责的关系：行政罚款与刑事罚金是两种不同性质的处罚，但若行为人已被刑事追责（如法院判决罚金），行政机关一般不再重复罚款；若仅不起诉而未经刑事处罚，则行政罚款仍可适用。
- 罚款幅度：具体罚款金额需结合违法情节（如经营数额、违法所得、社会危害性等）确定，但不得超出法定幅度。例如，《市场主体登记管理条例》规定无照经营罚款上限为50万元，情节严重的可更高。
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