结论：协商离职中涉及违约金是否有影响，主要取决于劳动合同或相关协议中的约定以及违约金的合法性。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动合同或协议中的约定
有明确约定：
- 如果劳动合同或双方协商达成的离职协议中明确规定了违约金条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么违约金条款通常是有效的。这意味着，如果一方违反了协议中的约定，如提前离职或未履行某些义务，另一方有权要求支付违约金。
无明确约定：
- 如果劳动合同或离职协议中没有明确规定违约金条款，那么一般情况下，双方不能随意要求支付违约金。除非能够证明因一方违约给另一方造成了实际损失，并且这种损失是可以通过金钱来衡量的，否则很难要求支付违约金。
二、违约金的合法性
合法违约金：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，违约金条款必须合法合理。例如，对于劳动者违反服务期约定或竞业限制约定的，用人单位可以与劳动者约定由劳动者承担违约金。但违约金的数额应当合理，不得过高，否则可能被视为无效。
- 合法情形示例：若员工在入职时接受了公司提供的专项培训，并签订了服务期协议，约定在服务期内离职需支付一定数额的违约金，且该违约金数额合理，那么这种违约金条款是合法的。
非法违约金：
- 如果违约金条款违反了法律法规的强制性规定，如约定了过高的违约金数额，或者在没有法定情形下随意约定违约金，那么这些条款可能是无效的。在这种情况下，即使双方签订了包含违约金条款的协议，一方也不能要求另一方支付违约金。
- 非法情形示例：若劳动合同中约定，无论何种原因员工离职，均需支付高额违约金，且该违约金数额明显超过了公司因员工离职可能遭受的损失，那么这种违约金条款可能是非法的。
三、实际操作中的建议
审查合同或协议：
- 在协商离职时，双方应仔细审查劳动合同或离职协议中的违约金条款，确保其合法性和合理性。如果发现条款存在问题或不明确的地方，应及时与对方沟通并协商修改。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答中可侧重于“向我咨询”）：
- 如果对违约金条款的合法性或合理性存在疑问，或者担心因违约金问题产生纠纷，建议咨询专业律师。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我可以为你提供专业的法律意见和帮助。
保留证据：
- 在协商离职过程中，双方应保留好相关证据，如劳动合同、离职协议、沟通记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中可能起到关键作用。
总结：协商离职中涉及违约金是否有影响，主要取决于劳动合同或相关协议中的约定以及违约金的合法性。在协商离职时，双方应仔细审查合同条款，确保违约金的合法性和合理性，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。如果你有任何关于劳动纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。