医院收到经营企业伪造的发票，应当立即采取以下措施进行处理：

1. 立即停止使用与伪造发票相关的所有凭证：

   • 医院在发现收到的发票为伪造后，应第一时间停止使用该发票作为财务记账、报销或税务申报的依据，防止因使用伪造发票而引发的进一步法律风险。

2. 内部调查与证据固定：

   • 医院应迅速组织内部调查，核实发票的来源、接收过程以及相关责任人员。
   • 收集并保存所有与伪造发票相关的证据，包括但不限于发票原件、接收记录、通信记录、付款凭证等，以备后续法律程序使用。

3. 向税务机关报告：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，医院有义务向当地税务机关报告发现的伪造发票情况。
   • 报告内容应包括伪造发票的详细信息、发现过程、已采取的措施等，以便税务机关及时介入调查并采取相应措施。

4. 配合税务机关调查：

   • 医院应积极配合税务机关的调查工作，提供必要的协助和资料。
   • 如实陈述事实，不隐瞒、不谎报，确保调查工作的顺利进行。

5. 评估损失与追责：

   • 医院应评估因伪造发票而可能遭受的经济损失，包括但不限于已支付的款项、可能面临的税务处罚等。
   • 根据内部调查结果，确定责任人员，并依据医院规章制度或相关法律法规进行追责。

6. 加强内部控制与防范：

   • 医院应借此机会加强内部控制，完善发票接收、审核、报销等流程，防止类似事件再次发生。
   • 定期对员工进行法律培训，提高法律意识，确保医院运营活动的合法合规。

7. 考虑法律救济途径：

   • 如因伪造发票而遭受重大损失，医院可考虑通过法律途径追究伪造发票者的法律责任，包括但不限于民事赔偿、刑事报案等。

在处理过程中，医院需特别注意：

• 保持冷静与理性：避免因情绪化处理而引发不必要的法律纠纷或声誉损失。
• 确保合规性：所有处理措施均需在法律法规的框架内进行，确保医院的合法权益不受侵害。
• 及时沟通与报告：与税务机关、内部相关部门保持密切沟通，确保信息畅通，及时报告处理进展。

如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。