购车开出发票十三万元而实际支付九万元，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若存在真实交易背景且价格合理：

   • 在某些特殊情况下，如购车时享受了厂家补贴、经销商优惠或参与了特定促销活动，可能导致购车发票金额高于实际支付金额。但这种情况通常要求有明确的书面协议或合同作为支撑，且价格差异需在合理范围内。若能提供充分证据证明交易的真实性和价格的合理性，则该行为可能不构成违法。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票的开具应当真实反映交易情况。但此处的“真实”更多指的是交易本身的真实性，而非发票金额与支付金额必须完全一致。只要交易真实存在，且价格差异有合理依据，通常不会被视为违法。

2. 若存在虚开发票或偷逃税款等违法行为：

   • 如果购车发票金额高于实际支付金额，且没有合理的解释或证据支持，那么这种行为很可能被视为虚开发票。虚开发票是违法行为，不仅违反了发票管理规定，还可能涉及偷逃税款等更严重的法律问题。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票或偷逃税款可能面临罚款、滞纳金、甚至刑事处罚等严重后果。

法律建议：

• 对于消费者而言，在购车时应仔细核对发票金额与实际支付金额是否一致，并保留好相关交易凭证和合同。如果发现发票金额与实际支付金额不符，应及时向经销商或相关部门咨询并寻求解决方案。
• 对于经销商而言，应严格遵守发票管理规定和税收法律法规，确保发票的开具真实反映交易情况。不得为了谋取私利或逃避税收监管而虚开发票或进行其他违法行为。

总结与提醒： 购车开出发票金额与实际支付金额不一致是否合法，取决于交易的真实性和价格的合理性。如果存在合理的解释和证据支持，则可能不构成违法；但如果存在虚开发票或偷逃税款等违法行为，则将面临严重的法律后果。因此，在购车过程中，双方都应保持谨慎和诚信，确保交易的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。