结论：两个案件若已进入执行阶段，其中一个案件通过协商还款后，另一个案件的执行需根据具体情况处理，主要分为以下两种情形：

1. 若另一案件尚未履行完毕，需继续执行

• 执行程序独立性：每个案件的执行程序具有独立性，一个案件的协商还款不影响另一案件的执行。若另一案件的被执行人未履行生效法律文书确定的义务，法院仍可依法采取查封、扣押、冻结、拍卖等强制执行措施。
• 执行和解的效力：若协商还款的案件已达成执行和解协议并履行完毕，法院会终结该案件的执行程序，但另一案件的执行不受影响。被执行人需继续履行另一案件的义务，否则可能面临限制高消费、列入失信被执行人名单等后果。
• 建议：若被执行人希望一并解决另一案件，可主动与申请执行人协商，达成执行和解协议并履行完毕，或向法院申请分期履行、以物抵债等。

2. 若另一案件存在执行障碍，可申请中止或终结执行

• 执行障碍情形：若另一案件因被执行人无财产可供执行、财产不足以清偿全部债务，或存在其他法定中止情形（如被执行人下落不明、申请执行人撤回申请等），法院可能裁定中止或终结执行。
• 参与分配制度：若被执行人为公民或其他组织，且财产不足以清偿全部债务，其他债权人可申请参与分配，按比例受偿。此时，协商还款的案件可能影响另一案件的受偿比例。
• 建议：若被执行人确无履行能力，申请执行人可向法院申请中止执行，待发现财产线索后恢复执行；或通过破产程序（如被执行人为企业）统一清偿债务。

总结：另一案件的执行需根据被执行人的履行能力、财产状况及申请执行人的意愿综合处理。若您是申请执行人，可督促被执行人履行义务或协商解决方案；若您是被执行人，建议主动与法院及申请执行人沟通，避免因拒不履行被采取更严厉的执行措施。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。