结论：员工、亲戚投资三方入股是否违法需分情况讨论，具体处理方式需结合入股主体身份、资金来源、协议内容及公司性质综合判断。以下为详细分析：

1. 合法情形：符合公司法及内部规定

若三方入股满足以下条件，则不违法：

• 主体资格合法：员工、亲戚作为自然人投资者，需具备完全民事行为能力，且无禁止性规定（如公务员不得经商办企业）。
• 资金来源合法：入股资金需为自有合法财产，不得涉及挪用公款、洗钱等违法行为。
• 协议程序合规：
  • 签订书面入股协议，明确股权比例、权利义务、退出机制等；
  • 若公司为有限责任公司，需其他股东过半数同意并办理工商变更登记；
  • 若为股份有限公司，需符合招股说明书或公司章程规定的增资程序。
• 无利益冲突：员工入股不得违反竞业限制、保密义务等约定，且需披露与公司的关联关系。

处理建议：

• 完善入股协议，明确各方权责；
• 履行公司内部决策程序（如股东会决议）；
• 办理工商变更登记，确保股权结构合法化。

2. 违法情形及法律风险

若存在以下情形，可能构成违法：

• 主体不适格：如公务员、现役军人等特殊身份人员入股，违反《公务员法》《中国人民解放军内务条令》等规定。
• 资金来源非法：入股资金涉及贪污、受贿、挪用公款等犯罪所得，可能构成洗钱罪或掩饰、隐瞒犯罪所得罪。
• 程序违法：
  • 未履行公司内部决策程序（如未召开股东会、未取得其他股东同意）；
  • 未办理工商变更登记，导致股权归属存疑；
  • 违反证券法规定（如非公开募集股份未依法报备）。
• 利益输送或关联交易：员工利用职务便利为亲戚谋取利益，可能构成职务侵占罪或非国家工作人员受贿罪。

法律后果：

• 行政责任：工商部门可责令改正、罚款；
• 刑事责任：涉嫌犯罪的，依法追究刑事责任；
• 民事责任：其他股东可主张入股协议无效或要求赔偿损失。

3. 处理方式

• 自查合规性：核对入股主体身份、资金来源、程序是否合法；
• 完善手续：补签协议、履行决策程序、办理工商登记；
• 风险隔离：若存在利益冲突，可签订利益冲突回避协议或调整股权结构；
• 法律救济：若已发生纠纷，可通过协商、仲裁或诉讼解决。

提示：入股行为涉及公司法、合同法、刑法等多部法律，建议操作前委托律师审核协议及程序合规性。如有具体问题，可直接向我咨询。