通过领导关系投资入股企业本身并不直接违法，但具体是否违法需结合投资方式、资金来源、企业性质及行业规定等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 投资方式合法性

• 正常股权投资：若通过合法程序（如签署股东协议、办理工商变更登记等）成为企业股东，且资金来源合法（如自有资金、合法借贷等），则投资行为合法。
• 利益输送或行贿：若通过领导关系获取内部信息、低价入股或规避监管，可能涉嫌利益输送、商业贿赂等违法行为。例如，利用领导职权迫使企业接受不合理投资条件，或通过行贿获取投资机会。

2. 资金来源合法性

• 合法资金：使用自有资金、合法借贷或投资基金等合规资金入股，无违法风险。
• 非法资金：若资金来源于贪污、受贿、洗钱等非法途径，则投资行为本身即构成违法，甚至可能涉及刑事犯罪。

3. 企业性质与行业规定

• 国有企业：投资国有企业需遵守《企业国有资产法》等规定，未经批准通过领导关系入股可能涉嫌违规操作或国有资产流失。
• 特殊行业：如金融、医疗、教育等受严格监管的行业，投资需符合行业准入条件。通过领导关系绕过监管入股，可能面临行政处罚或刑事责任。

4. 潜在法律后果

• 民事责任：若投资行为违反合同约定（如隐瞒关键信息），可能承担违约责任。
• 行政责任：违反行业监管规定，可能被处以罚款、吊销执照等行政处罚。
• 刑事责任：若涉及行贿、受贿、非法经营等犯罪行为，可能面临刑事追诉。

法律建议

1. 核实投资程序：确保通过合法途径签署协议、办理登记，避免口头约定或“关系操作”。
2. 审查资金来源：确保资金来源合法，避免使用不明资金或涉及非法活动。
3. 遵守行业规定：投资前了解目标企业所在行业的准入条件及监管要求。
4. 保留证据：保存投资协议、付款凭证等文件，以备纠纷时举证。

若您已通过领导关系投资入股，建议立即自查投资程序、资金来源及企业性质是否合规。如有疑问或需进一步法律帮助，可直接向我咨询。