请第三方审计施工公司是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
合法性依据
公司自治原则：
- 根据公司法及相关法律法规，公司有权自主决定其内部管理事务，包括选择是否进行审计以及审计的方式。因此，施工公司作为独立的市场主体，有权决定是否聘请第三方进行审计。
审计法规支持：
- 审计法规并未禁止公司聘请第三方进行审计。相反，许多审计法规和准则都鼓励或要求公司进行定期审计，以确保财务报告的准确性和合规性。聘请第三方审计机构进行审计，可以视为公司履行其审计义务的一种方式。
合同自由原则：
- 施工公司与第三方审计机构之间可以签订审计合同，明确双方的权利和义务。只要合同内容合法、合规，且双方自愿签订，该合同即具有法律效力。
实际操作中的注意事项
选择合格的审计机构：
- 施工公司在选择第三方审计机构时，应确保其具有相应的审计资质和经验。可以通过查询审计机构的资质证书、了解其过往审计项目等方式进行评估。
明确审计范围和目的：
- 在与审计机构签订合同时，应明确审计的范围、目的和期限等关键条款。这有助于确保审计工作的针对性和有效性，避免因审计范围不明确而导致的纠纷。
保护公司商业秘密：
- 在审计过程中，施工公司应确保审计机构对其商业秘密的保密义务。可以在合同中约定保密条款，明确审计机构在审计过程中不得泄露公司的商业秘密。
合规性审查：
- 施工公司应确保审计工作符合相关法律法规和行业标准的要求。例如，审计机构应按照审计准则进行审计工作，确保审计报告的准确性和合规性。
可能的法律后果
如果施工公司聘请的第三方审计机构存在违法行为或不当行为，如泄露公司商业秘密、出具虚假审计报告等，施工公司可能会面临以下法律后果：
民事责任：
- 如果审计机构的违法行为给施工公司造成了经济损失，施工公司有权要求审计机构承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
行政责任：
- 如果审计机构的违法行为违反了相关行政法规的规定，相关监管部门可能会对审计机构进行行政处罚，如罚款、吊销资质等。同时，施工公司也可能因选择不合格的审计机构而面临一定的监管风险。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果审计机构的违法行为构成了犯罪，如出具虚假证明文件罪等，相关责任人员可能会面临刑事责任的追究。