审计局聘请第三方代理机构进行审计是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律依据与合法性基础
政府采购与委托审计的合法性：
- 审计局作为政府部门，在履行其审计职责时，有权根据工作需要，通过政府采购程序聘请具有专业资质的第三方代理机构进行审计。这种做法在政府采购法及相关审计法规中均有明确规定，是合法且常见的。
- 第三方代理机构通常具备专业的审计能力和经验，能够提供更高效、更准确的审计服务，有助于审计局更好地履行其职责。
审计法规的明确规定：
- 根据《中华人民共和国审计法》及相关实施条例，审计机关在进行审计时，可以委托社会审计机构进行审计，但应当符合法定条件，并遵循相关程序。这进一步证明了审计局聘请第三方代理机构进行审计的合法性。
实际操作中的注意事项
选择合格的第三方代理机构：
- 审计局在聘请第三方代理机构时，应确保所选机构具备相应的专业资质和良好的信誉。这可以通过查询相关机构的资质证书、业绩记录以及客户评价等方式进行核实。
- 同时，审计局应与第三方代理机构签订详细的委托合同，明确双方的权利和义务，包括审计范围、审计标准、审计期限以及费用支付等条款。
监督与审核第三方代理机构的工作：
- 审计局在委托第三方代理机构进行审计的过程中，应保持对其工作的监督和审核。这可以通过定期听取审计进展汇报、审查审计报告以及进行必要的现场检查等方式实现。
- 如果发现第三方代理机构存在违规行为或审计结果不准确的情况，审计局应及时采取措施予以纠正，并依法追究相关责任。
合法性的保障措施
遵循法定程序：
- 审计局在聘请第三方代理机构进行审计时，应严格遵循政府采购法及相关审计法规规定的程序。这包括发布采购公告、接受报名、组织评审、签订合同等步骤，确保整个过程的公开、公平、公正。
保护国家秘密和商业秘密：
- 在审计过程中，审计局和第三方代理机构均应严格遵守保密规定，保护涉及国家秘密和商业秘密的信息不被泄露。这可以通过签订保密协议、限制访问权限以及加强信息安全管理等措施实现。
总结与建议：
审计局聘请第三方代理机构进行审计是合法的，但应确保所选机构具备专业资质和良好信誉，并签订详细的委托合同。同时，审计局应保持对第三方代理机构工作的监督和审核，确保其按照法定程序和标准进行审计。如果在实际操作中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业律师或相关监管部门以获取更具体的法律指导。