核心结论：协议约定挖机各占一半股份共同经营的情况下，亏损的计算与分担需依据双方协议约定、法律规定及实际经营情况综合判定，具体如下：

1. 协议优先原则：以书面约定为准

• 若双方在合作协议中明确约定了亏损分担方式（如按股份比例分担、固定金额分担或其他方式），则应优先按照协议约定执行。例如，协议约定“亏损按50%:50%比例分担”，则双方需各自承担总亏损的50%。
• 关键点：协议需合法有效（无欺诈、胁迫、显失公平等情形），且内容明确具体。若协议未约定亏损分担方式，则需依据法律规定处理。

2. 法定分担规则：按出资比例或实际贡献分担

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百一十七条，若协议未约定亏损分担方式，或约定不明确，则应按照出资比例分担亏损。在“各占一半股份”的场景下，通常视为双方出资比例相同，因此亏损仍按50%:50%分担。
• 例外情形：若一方能证明其实际贡献（如管理、技术、资源等）显著高于另一方，可主张调整分担比例，但需提供充分证据（如财务记录、合作协议补充条款等）。

3. 实际经营中的特殊情形

• 债务性质区分：若亏损源于一方过错（如擅自决策、违规操作等），过错方可能需承担全部或主要责任。例如，因一方操作不当导致挖机损坏，产生的维修费用应由过错方承担。
• 连带责任风险：若合作体对外负债（如拖欠供应商款项），债权人可要求双方承担连带责任。此时，双方需先对外清偿债务，再按内部约定或法律规定追偿。
• 解散与清算：若合作终止，需进行清算。清算后剩余财产不足清偿债务的，按上述规则分担亏损；若有剩余财产，则按股份比例分配。

4. 实务建议

• 完善协议：建议双方在合作初期签订书面协议，明确亏损分担方式、决策机制、退出条件等，避免后续纠纷。
• 保留证据：经营过程中应保留财务记录、会议纪要、沟通记录等，以证明各方贡献或过错。
• 及时协商：出现亏损时，双方应尽快协商解决方案，避免矛盾激化。若协商不成，可依法通过诉讼或仲裁解决。

总结：在“各占一半股份”的合作中，亏损原则上按50%:50%分担，但需以协议约定为优先，无约定时按出资比例或实际贡献分担。特殊情形下（如一方过错），可能调整分担比例。建议双方通过协议明确权利义务，并保留经营证据以备查证。如有具体案件或协议条款需解读，可直接向我咨询。