结论前置：
详细分析：
一、一般情况下，未经同意查取聊天记录违法
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。个人聊天记录属于个人隐私的范畴，未经本人同意，他人（包括公司）不得擅自查取。
从公司管理角度来看，虽然公司有权对员工的工作行为进行管理，但这种管理权应当受到法律的限制。公司IT部门未经员工同意，擅自查取员工电脑中的个人聊天记录，不仅侵犯了员工的隐私权，也可能违反公司内部的规章制度，导致公司面临法律责任和声誉损失。
二、特定情况下，公司可能有一定的调查权
尽管一般情况下公司不得擅自查取员工个人聊天记录，但在某些特定情况下，如涉及公司重大利益或违法犯罪行为调查时，公司可能有一定的调查权。然而，这种调查权并非无限制的，必须符合以下条件：
法定程序：公司必须依法进行调查，如通过法律途径申请搜查令或获得员工的明确同意。未经法定程序，公司不得擅自查取员工个人聊天记录。
必要性：调查必须基于合理的怀疑和必要性，即公司有充分的理由相信员工的行为可能涉及公司重大利益或违法犯罪行为。
最小侵害原则：在调查过程中，公司应当尽量减少对员工隐私权的侵害，仅查取与调查目的直接相关的信息。
三、法律后果与建议
如果公司未经员工同意擅自查取个人聊天记录，员工有权依法维护自己的合法权益。员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司停止侵权行为并赔偿损失；也可以向法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
对于公司而言，为了避免法律风险和声誉损失，应当加强员工隐私保护意识的教育和培训，完善公司内部的规章制度和管理流程。在需要调查员工行为时，应当依法进行并尽量减少对员工隐私权的侵害。
四、实际操作建议
员工角度：如果发现公司未经同意查取了自己的个人聊天记录，应当及时与公司沟通并要求停止侵权行为。如果公司不予理会或处理不当，可以向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼。
公司角度：公司应当制定明确的规章制度和管理流程，规范员工行为调查的程序和要求。在需要调查员工行为时，应当依法进行并尽量减少对员工隐私权的侵害。同时，公司应当加强员工隐私保护意识的教育和培训，提高员工的法律意识和自我保护能力。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。