公司合同保存在公司的原因，主要基于合同保管主体的确定、合同管理的需要以及法律规定的遵循。以下从不同角度详细分析：
一、合同保管主体的确定
法务部门保管：
- 适用情况：大型公司及法律事务复杂的公司。
- 优势：法务部门具备专业法律知识，能从法律风险防控角度对合同进行全面管理，包括合同的审查、保管及处理，确保合同签订、履行等各环节符合法律法规要求。
行政部门保管：
- 适用情况：小型公司或未设法务部门的公司。
- 优势：行政部门熟悉公司日常事务，能将合同管理与行政事务统筹安排，保证合同管理的规范性和有序性，同时在文件归档、档案管理方面有经验和规范流程。
业务部门保管：
- 适用情况：与业务部门业务直接相关的合同。
- 优势：业务部门对合同内容及履行情况最为了解，便于及时查阅合同，按约定推进业务工作，并迅速反应于合同变更、解除等情况。但需注意建立监督机制，防止合同保管分散、缺乏统一管理。
档案管理部门保管：
- 适用情况：大型企业或对档案管理要求高的公司。
- 优势：档案管理部门有专业知识、完善制度，能科学分类、妥善保存合同，并提供便捷查询服务，同时确保合同的长期保存和安全性。
二、合同管理的需要
安全、完整、可追溯性：
- 无论由哪个部门保管，都应确保合同的安全存储、内容完整及可追溯性，防止合同丢失、损坏或篡改。这是合同管理的基本要求，也是公司维护自身权益和履行义务的重要保障。
分类、编号、归档：
- 为方便查询和管理，应对合同进行分类、编号和归档，建立清晰的合同管理体系。这有助于公司快速定位所需合同，提高合同管理效率。
信息化管理：
- 鼓励采用电子合同管理系统，提高合同管理的效率和准确性，实现合同的电子化存储、快速检索和智能分析。信息化管理是现代企业合同管理的重要趋势，有助于公司更好地应对市场变化和业务需求。
三、法律规定的遵循
劳动合同的保管：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。然而，这并不意味着公司不能保存劳动合同的副本或原件。实际上，公司保存劳动合同是出于管理需要和法律风险防控的考虑。同时，对于已经解除或者终止的劳动合同文本，公司负有至少保存二年备查的法定义务。
其他合同的保管：
- 对于非劳动合同的其他合同，如采购合同、销售合同等，虽然法律没有明确规定保管期限和方式，但公司通常会根据自身管理需要和合同类型的重要性来确定保管方式和期限。这有助于公司维护自身权益、履行义务以及应对潜在的法律纠纷。
法律建议与风险提示
明确合同保管主体和职责：
- 公司应根据自身实际情况，合理选择合同保管主体，并明确其职责权限。这有助于确保合同管理的规范化和标准化，降低法律风险。
建立健全合同管理制度：
- 公司应建立合同审核、签订、履行、保管及归档的全流程管理制度。这有助于确保合同管理的每个环节都得到有效控制，提高合同管理效率和质量。
加强合同保管的安全措施：
- 公司应采取必要的安全措施，如设置密码、限制访问权限等，确保合同的安全存储和防止泄露。这有助于保护公司的商业秘密和敏感信息，维护公司的合法权益。
定期清理和整理合同存档：
- 公司应定期对合同存档情况进行清理和整理，查漏补缺，确保所有合同都得到妥善保管。这有助于公司及时了解合同状态，应对潜在的法律纠纷和风险。
如有任何关于公司合同保管或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。