收到公司通过EMS发来的警告信，而您对此并不认可时，可以按照以下步骤来处理：

一、保持冷静，详细阅读警告信

首先，不要因为收到警告信而感到慌乱或情绪化。保持冷静，仔细阅读警告信的内容，明确公司指控的具体事项、依据以及可能采取的措施。这有助于您更准确地理解公司的立场和诉求，为后续的应对做好准备。

二、核实警告信的真实性与有效性

1. 确认发件方身份：核实发件公司的名称、地址、联系方式等信息是否真实存在，与工商登记信息是否一致。这有助于判断警告信是否来自合法、正规的公司。

2. 分析指控依据：仔细审查警告信中提到的指控依据，如公司规章制度、劳动合同条款等。确认这些依据是否真实存在，以及您是否确实违反了相关规定。

3. 评估指控合理性：结合您的工作实际情况，评估公司指控的合理性。如果认为指控不实或存在误解，应准备相应的证据来反驳。

三、收集证据，准备反驳材料

1. 整理工作记录：收集与您工作相关的记录、邮件、报告等材料，以证明您的工作表现和行为符合公司要求。

2. 寻找证人：如果可能的话，寻找同事或上级作为证人，他们可以提供关于您工作表现的证言。

3. 准备反驳材料：根据警告信的内容，准备一份详细的反驳材料，逐一回应公司的指控，并提供相应的证据支持。

四、与公司沟通，表达立场

1. 预约面谈：与公司的人力资源部门或相关负责人预约面谈时间，以便更直接地表达您的立场和观点。

2. 清晰表达：在面谈中，清晰、有条理地表达您对警告信的不认可，并展示您收集的证据和反驳材料。

3. 寻求解决方案：与公司协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果认为公司的指控不实，可以要求公司撤销警告信；如果认为存在误解，可以协商如何改进工作表现以避免类似情况再次发生。

五、考虑法律途径

如果与公司沟通无果，且您认为公司的警告信严重侵犯了您的权益，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。这包括但不限于向劳动仲裁机构申请仲裁、向法院提起诉讼等。

六、保持专业态度，避免情绪化

在整个处理过程中，保持专业、冷静的态度至关重要。避免情绪化地回应公司的警告信或与公司发生冲突。通过理性、客观的方式表达自己的立场和观点，更有可能获得公司的理解和尊重。

总之，面对公司通过EMS发来的警告信，您应保持冷静、核实信息、收集证据、与公司沟通并考虑法律途径来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。