公司在有商业纠纷时确实可以变更法人，但此过程必须严格遵循法律程序和规定，且不能逃避公司应承担的法律责任。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国市场主体登记管理条例》，公司作为企业法人，拥有独立的法人财产权，并以其全部财产对公司的债务承担责任。公司法定代表人的变更属于公司内部治理范畴，需依法进行登记。在变更过程中，应确保不损害债权人利益，不逃避法律责任，这是变更法人必须遵循的基本原则。
二、变更程序与要求
召开股东会或董事会：
- 必需首先通过股东会或董事会的决议，决定变更公司法定代表人。这一步骤是变更法人的前提，决议应符合公司章程和法律的要求。
准备并提交材料：
- 向公司登记机关提交包括变更登记申请书、新法人代表的身份证明、免职及任职文件等相关材料。这些材料应真实、完整，符合登记机关的要求，以确保变更登记的顺利进行。
办理变更登记：
- 登记机关将对提交的材料进行审查。审查通过后，将换发新的营业执照，标志着法人变更登记的完成。这一步骤是变更法人的关键，必须确保所有手续合法、有效。
三、重要注意事项
法律责任承担：
- 公司作为独立的民事主体，其之前的债务和纠纷责任不因法人变更而改变。新法人将继承公司的权利和义务，包括承担公司之前的债务和纠纷责任。因此，在变更法人时，应明确新旧法人之间的权利义务划分，以避免后续纠纷。
债权人权益保护：
- 恶意变更法人以逃避债务将损害债权人利益，债权人有权采取法律措施维护自身权益。这包括申请撤销法人变更行为（若符合可撤销的法定情形）和要求原法人与新法人承担相应责任。因此，在变更法人时，应确保不损害债权人的利益，遵守相关法律法规。
纠纷解决程序中的报备：
- 在涉及诉讼等纠纷解决程序中变更法人时，应及时向相关司法机关报备。未及时报备可能影响案件的正常审理和执行程序，如司法文书的送达等。因此，在变更法人时，应关注纠纷解决程序的进展，确保及时报备并配合司法机关的工作。
遵循法律程序的重要性：
- 整个变更过程必须严格遵循法律程序，以确保变更的合法性和有效性。任何违反法律程序的行为都可能导致变更无效或产生其他法律后果。因此，在变更法人时，应确保所有步骤都符合法律法规的要求，避免因程序不当而引发的法律风险。
四、法律后果与风险提示
- 变更无效：如果变更过程违反法律程序或规定，可能导致变更无效。这将使公司面临法律纠纷和行政处罚的风险，影响公司的正常运营和信誉。
- 法律责任承担：如果变更法人是为了逃避公司应承担的法律责任，新法人可能面临法律追究和处罚。这将给新法人带来严重的法律后果和经济损失。
- 债权人维权：如果变更法人损害了债权人的利益，债权人有权采取法律措施维护自身权益。这可能导致公司面临诉讼和赔偿的风险，影响公司的财务状况和声誉。
建议：公司在有商业纠纷时变更法人，应严格遵守相关法律法规和程序要求，确保变更过程的合法性、有效性和透明度。同时，应妥善处理好相关债务和法律责任问题，以维护公司的信誉和债权人的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。