甲方指定代理公司是否合法，需视具体情况及合同约定、法律规定而定，以下分情况讨论：

1. 合同有明确约定时：

   • 合法性：若甲乙双方在合同中明确约定了甲方有权指定代理公司，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么甲方指定代理公司的行为是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。

2. 合同无明确约定时：

   • 合法性存疑：若合同中未明确约定甲方有权指定代理公司，那么甲方单方面指定代理公司的行为可能构成违约或侵权，具体取决于合同的具体内容、交易习惯以及相关法律法规的规定。
   • 可能后果：在此情况下，乙方有权拒绝接受甲方指定的代理公司，并要求甲方按照合同约定履行义务。若甲方坚持指定代理公司，乙方有权寻求法律救济，如要求解除合同、赔偿损失等。

3. 特殊行业或领域：

   • 特定规定：在某些特殊行业或领域，如政府采购、建设工程等，可能存在特定的法律法规或行业规范对代理公司的选择、指定等作出明确规定。
   • 合法性判断：在此类情况下，甲方指定代理公司的行为是否合法，需依据相关法律法规或行业规范进行判断。若违反相关规定，则可能面临行政处罚或法律责任。

法律建议：

• 审查合同：在签订合同时，应仔细审查合同条款，明确双方的权利义务，特别是关于代理公司的选择、指定等条款。
• 协商沟通：若合同中未明确约定代理公司的选择方式，双方应通过协商沟通达成一致意见，并签订补充协议明确相关条款。
• 寻求法律帮助：若因甲方指定代理公司引发纠纷，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自身合法权益。

可能涉及的法律后果：

• 违约责任：若甲方违反合同约定指定代理公司，可能需承担违约责任，如赔偿乙方因此遭受的损失等。
• 行政处罚：若甲方指定代理公司的行为违反相关法律法规或行业规范，可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。

总结：甲方指定代理公司的合法性需根据合同约定、法律规定以及特殊行业或领域的规范进行综合判断。在签订合同时，应明确相关条款以避免纠纷；若发生纠纷，应及时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。