员工在检察院不起诉后，单位不一定会开除，具体是否开除需根据单位规章制度、劳动合同以及员工行为性质等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 检察院不起诉的法律意义：

   • 检察院不起诉意味着在刑事法律层面，员工未被认定构成犯罪或犯罪情节轻微，依法不追究刑事责任。但这并不直接等同于员工在单位内部的行为完全无过错或符合单位规定。

2. 单位开除员工的法律依据：

   • 单位开除员工通常依据《劳动合同法》以及单位内部的规章制度。根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等情形下，单位可以解除劳动合同。
   • 若员工的行为虽未构成犯罪，但违反了单位规章制度且情节严重，单位有权依据规章制度开除员工。

3. 不起诉后单位开除的考量因素：

   • 行为性质：员工的行为是否严重违反单位规章制度，如盗窃、欺诈、严重违反工作纪律等。
   • 损害后果：员工的行为是否给单位造成了重大损害，包括经济损失、声誉损害等。
   • 规章制度：单位是否有明确的规章制度规定此类行为属于开除情形，且该规章制度是否经过民主程序制定并公示。
   • 劳动合同：劳动合同中是否有关于员工行为与解除劳动合同的约定。

4. 不起诉后单位不开除的情形：

   • 若员工的行为未严重违反单位规章制度，或虽有一定过错但情节轻微，单位可能选择不开除员工，而是采取警告、罚款、降职等其他纪律处分措施。
   • 若单位规章制度或劳动合同中未明确规定此类行为属于开除情形，单位在开除员工时可能面临法律风险。

5. 法律建议：

   • 对于员工而言，若面临检察院不起诉但单位可能开除的情况，应仔细审查单位规章制度和劳动合同，了解自身权利与义务。
   • 对于单位而言，在决定是否开除员工时，应确保有充分的法律依据和事实依据，避免因违法解除劳动合同而承担法律责任。

总结来说，检察院不起诉并不直接决定单位是否开除员工。单位在决定是否开除时，需综合考虑员工行为性质、损害后果、规章制度以及劳动合同等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。