结论：此情况可能涉及失火罪，但具体是否构成犯罪以及量刑，需结合失火原因、责任归属、损失程度等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、失火罪的构成要件
失火罪是指由于行为人的过失引起火灾，造成严重后果，危害公共安全的行为。其构成要件包括：
- 主观方面：行为人必须具有过失，即应当预见自己的行为可能引起火灾，因为疏忽大意而没有预见，或者虽然已经预见但轻信能够避免。
- 客观方面：行为人必须实施了引起火灾的行为，且该行为造成了严重后果，如致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失。
- 客体方面：失火罪侵犯的客体是公共安全，即不特定多数人的生命、健康和重大公私财产的安全。
二、本案具体情况分析
- 失火原因：员工在仓库吸烟是失火的直接原因。如果员工明知仓库内禁止吸烟或存在易燃物品，仍故意吸烟，则可能构成故意；但如果员工因疏忽大意或过于自信而吸烟，则更可能构成过失。
- 责任归属：
- 员工责任：员工作为直接行为人，如果因其过失导致火灾，应承担相应的刑事责任。
- 公司责任：公司作为仓库的管理者，如果未提供必要的消防设施（如灭火器）、未进行消防安全培训、未设置明显的安全警示标识，导致火灾发生或扩大，公司及其相关责任人员也可能承担一定的刑事责任或民事责任。
- 损失程度：本案中火灾造成六万元的损失，虽未造成人员伤亡，但已构成一定的财产损失。根据相关司法解释，失火造成公私财产遭受重大损失的，可能构成失火罪。
三、可能的法律后果
- 员工：如果员工因过失导致火灾，且损失达到一定程度，可能构成失火罪，面临三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
- 公司及相关责任人员：如果公司未履行消防安全职责，导致火灾发生或扩大，公司可能面临行政处罚（如罚款、责令停产停业等），相关责任人员也可能因玩忽职守等罪名被追究刑事责任。
四、建议
- 立即报警并配合调查：火灾发生后，应立即报警并配合消防部门和公安机关的调查工作，查明火灾原因和责任归属。
- 积极赔偿损失：对于造成的财产损失，应积极与受损方协商赔偿事宜，以减轻法律后果。
- 加强消防安全管理：公司应加强消防安全管理，完善消防设施、开展消防安全培训、设置明显的安全警示标识等，以防止类似事件再次发生。
如有更多细节或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。