结论：针对您描述的情况，厂长作为民办加工厂雇佣的人员，将百万货款私自收取并跑路，这一行为可能涉嫌职务侵占罪或诈骗罪，您可以报警，且如果厂长行为构成犯罪，确实有可能面临坐牢的法律后果。以下是对此问题的详细分析：
一、法律定性
职务侵占罪：
- 如果厂长在收取货款时，是利用其作为厂长的职务便利，且该货款属于加工厂所有，那么厂长的行为可能构成职务侵占罪。
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
诈骗罪：
- 如果厂长在收取货款时，通过虚构事实或隐瞒真相的方式，使加工厂或客户误以为其有权收取货款，从而骗取货款，那么厂长的行为可能构成诈骗罪。
- 诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为。
二、报警与立案
- 报警：您完全有权向公安机关报警，并提供相关证据，如合同、收款凭证、厂长跑路的证据等，以便公安机关进行调查。
- 立案：公安机关在接到报案后，会进行初步调查，如果认为有犯罪事实发生，且需要追究刑事责任，就会立案侦查。
三、法律后果
- 刑事责任：如果厂长行为构成职务侵占罪或诈骗罪，且数额巨大（如您所述的百万货款），那么厂长可能面临较重的刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。具体刑罚会根据犯罪情节、数额大小、认罪态度等因素由法院综合判断。
- 民事责任：除了刑事责任外，厂长还可能需要承担民事责任，即赔偿加工厂因货款被侵占或骗取而遭受的损失。
四、建议与措施
- 立即报警：尽快向公安机关报案，并提供详细证据，以便尽快立案侦查。
- 收集证据：积极收集与厂长收取货款相关的所有证据，包括合同、收款凭证、银行转账记录、通信记录等。
- 咨询专业律师：在报警的同时，也可以咨询专业律师，了解更多法律权益和维权途径。律师可以协助您准备报案材料、提供法律意见，并在后续的法律程序中代表您或加工厂出庭。
- 加强内部管理：此次事件也暴露出加工厂在内部管理方面可能存在的问题。建议加强财务管理和职务监督，防止类似事件再次发生。
最后，希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。