结论：员工离职后发现有侵占公司财务行为，即使超过三年，公司仍有可能通过法律途径追究其责任，但具体能否追究以及追究的方式会受到诉讼时效、证据收集等多种因素的影响。以下从不同角度为您详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，在一般情况下，如果公司发现员工侵占财务的行为后，未在三年内提起诉讼，可能会面临诉讼时效届满的风险。
诉讼时效的中断与延长：
- 中断：如果在三年内，公司向员工主张过权利（如发送律师函、提起诉讼等），或者员工承认侵占行为并承诺偿还，诉讼时效会中断并重新计算。
- 延长：在特殊情况下，如员工隐匿财产、逃避债务等，公司可以向法院申请延长诉讼时效。但这一申请需要满足一定的条件，并由法院进行审查决定。
最长诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这意味着，即使超过了三年的普通诉讼时效，只要未超过二十年，公司仍有可能通过法律途径追究员工的责任。但需要注意的是，超过三年后，公司需要承担更重的举证责任，证明其权利确实受到了损害，并且损害是由员工的行为造成的。
二、证据收集问题
关键证据：
- 要追究员工的侵占责任，公司需要收集充分的证据来证明员工确实侵占了公司财务，以及侵占的具体金额和时间等。这些证据可能包括财务记录、银行转账记录、员工的工作记录、证人证言等。
证据保存：
- 公司应妥善保存与员工侵占行为相关的所有证据，包括电子数据和纸质文件等。如果证据丢失或损坏，可能会影响公司追究员工责任的能力。
证据效力：
- 收集到的证据需要具有合法性、真实性和关联性，才能被法院采纳作为定案的依据。因此，公司在收集证据时，应确保证据的来源合法、内容真实，并且与案件具有直接的关联性。
三、法律途径选择
民事诉讼：
- 如果公司能够收集到充分的证据，并且诉讼时效未届满或存在中断、延长的情形，公司可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还侵占的财务，并赔偿因此造成的损失。
刑事诉讼：
- 如果员工的侵占行为构成犯罪（如职务侵占罪），公司可以向公安机关报案，由公安机关进行侦查并提起公诉。在这种情况下，即使超过了三年的民事诉讼时效，也不影响刑事诉讼的进行。但需要注意的是，刑事诉讼的提起需要满足一定的条件，并且需要由公安机关进行侦查和审查决定是否提起公诉。
四、建议与措施
及时咨询律师：
- 鉴于诉讼时效和证据收集的重要性，建议公司在发现员工侵占行为后，及时咨询专业律师，了解具体的法律途径和策略。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，建立健全的财务制度和审计机制，防止类似侵占行为的发生。同时，加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和道德水平。
保留相关证据：
- 公司应妥善保留与员工侵占行为相关的所有证据，以备不时之需。如果可能的话，可以对证据进行公证或鉴定，以增强其证明力。
总结：员工离职后发现有侵占公司财务行为，即使超过三年，公司仍有可能通过法律途径追究其责任。但具体能否追究以及追究的方式会受到诉讼时效、证据收集等多种因素的影响。因此，建议公司在发现此类行为后，及时咨询专业律师并采取相应的措施。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。