当转包工程合同被认定为无效时，关于违约金的计算以及整体赔偿问题，我们需要从多个方面进行详细分析。

一、合同无效与违约金条款

首先，要明确的是，一旦转包工程合同被认定为无效，那么合同中的违约金条款通常也会随之失效。因为违约金条款是依附于有效合同而存在的，合同无效，则这些附属条款也自然失去法律效力。但这并不意味着受损方就无法获得任何赔偿。

二、合同无效的法律后果与赔偿原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为无效后，行为人应返还因该行为取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失；双方都有过错的，应各自承担相应责任。这一原则同样适用于转包工程合同无效的情况。

三、赔偿范围与计算方式

1. 直接损失：

   • 这包括因合同无效而直接产生的费用，如受让方为准备工程而支付的前期费用（测量费、设计费、已支付的转包费用等）。
   • 转包方也可能因合同无效而产生损失，如土地闲置损失、已投入的前期准备费用等。

2. 间接损失：

   • 间接损失通常是可得利益的损失，但需要谨慎评估。例如，如果因合同无效导致工程延误，受让方可能因此失去了其他商业机会，这部分损失在理论上是可以主张的，但需要有充分证据证明其可预见性和确定性。

3. 过错责任与赔偿比例：

   • 需要判断双方对于合同无效是否存在过错及过错程度。如果是一方过错导致的合同无效，那么过错方应承担全部赔偿责任。
   • 如果是双方过错，则需要根据各自的过错比例来分担损失。例如，转包方承担70%的过错责任，受让方承担30%，则按此比例分配损失。

4. 具体计算方式：

   • 在确定损失范围后，根据双方的过错比例来计算具体的赔偿金额。这通常需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决。
   • 如果双方对损失金额有争议，可以委托专业机构进行评估或鉴定，以确定合理的赔偿数额。

四、工程款结算问题

在转包合同无效的情况下，工程款的结算也是一个重要问题。根据相关法律规定和公平原则：

• 如果建设工程经竣工验收合格，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。这有助于保护实际施工人的合法权益。
• 如果建设工程经竣工验收不合格，则需要根据具体情况进行处理。修复后的工程经竣工验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；修复后的工程仍不合格的，承包人无权请求支付工程价款。

五、处理方式建议

在处理转包工程合同无效的赔偿和工程款结算问题时，建议当事人首先尝试通过协商解决。如果协商不成，可以考虑通过调解或诉讼等方式来解决争议。同时，为了维护自己的合法权益，当事人应及时咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。

综上所述，虽然转包工程合同无效意味着违约金条款失效，但受损方仍有权依据相关法律法规请求赔偿。在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，包括直接损失、间接损失、过错责任以及工程款结算等，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。