宅基地纠纷中，有鉴定的协议是否有效，需根据具体情况判断，但一般来说，经过合法鉴定且内容合法的协议是有效的。以下从多个角度进行分析：
一、协议鉴定的法律效力基础
鉴定程序合法性：
- 协议鉴定通常涉及对协议内容、签署过程、双方意愿等方面的审查。若鉴定程序符合法律规定，如由具备相应资质的鉴定机构进行，且鉴定过程公开、公正、透明，那么鉴定结果具有较高的法律效力。
协议内容合法性：
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，宅基地的转让必须遵循相关土地管理法规，不得非法买卖或转让宅基地使用权。若协议内容合法，且经过合法鉴定，那么该协议在法律上通常是有效的。
二、影响协议有效性的具体因素
双方真实意愿：
- 协议的签署必须是双方真实意愿的表示。若一方在签署协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致协议并非其真实意愿，那么该协议可能因缺乏真实意愿而无效。即使经过鉴定，若鉴定机构未能发现或未考虑这一因素，协议的法律效力仍可能受到质疑。
协议形式要件：
- 宅基地协议可能涉及特定的形式要件，如书面形式、公证等。若协议未满足这些形式要件，即使内容合法且经过鉴定，也可能因形式瑕疵而影响其法律效力。不过，在大多数情况下，形式要件并非决定协议有效性的唯一因素，而是与内容合法性、双方真实意愿等因素共同作用。
鉴定机构的权威性与专业性：
- 鉴定机构的权威性和专业性对鉴定结果的法律效力有重要影响。若鉴定机构具备相应资质，且鉴定人员具备专业知识和经验，那么其出具的鉴定报告通常具有较高的可信度。反之，若鉴定机构或鉴定人员存在瑕疵，如资质不符、经验不足等，那么鉴定结果可能受到质疑，进而影响协议的法律效力。
三、实际操作中的建议
确保鉴定程序合法：
- 在进行宅基地协议鉴定时，应选择具备相应资质的鉴定机构，并确保鉴定过程公开、公正、透明。同时，应保留好鉴定过程中的相关证据，以备不时之需。
审查协议内容合法性：
- 在签署宅基地协议前，应仔细审查协议内容是否符合法律法规的规定。如有疑问，可咨询专业律师或相关部门，以确保协议内容的合法性。
保留证据以备争议：
- 在宅基地纠纷中，证据是维护自身权益的关键。因此，在签署协议、进行鉴定等过程中，应保留好相关证据，如协议文本、鉴定报告、沟通记录等。这些证据在后续争议解决中可能发挥重要作用。
若您在宅基地纠纷中遇到有鉴定的协议效力问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。